改定中

本家様 http://sphire.mpg.de/

旧コンテンツ sphire_beta_20161216

入手

ファイルサイズは 400MB ほど

[root@c ~]# cd /Appl/src/
[root@c src]# curl -O http://sphire.mpg.de/downloads_20170602/sphire_beta_20170602.sh

展開

公式にて「OpenMPI」「EMAN2」「EMAN」「SPHIRE」に関わる環境変数を含めないでインストールしましょうとある。
なので下記のように定義して、確認として「which ompi_info」を実施

[root@c src]# export PATH=/bin:/usr/bin
 
[root@c src]# which ompi_info
/usr/bin/which: no ompi_info in (/bin:/usr/bin)
[root@c src]#

ここでは最小限のPATH環境設定にした。
LD_LIBRARY_PATHはどうやらインストールプログラムでunsetしてくれるみたい

インストール場所が/Appl/sphire/EMAN2なら下記のように実施 (既存の/Appl/sphire/EMAN2は/Appl/sphire/EMAN2.20161216とかに名称変更)

[root@c src]# bash ./sphire_beta_20170602.sh
 
Welcome to EMAN2 2.2
 
EMAN2 will now be installed into this location:
/root/EMAN2
 
  - Press ENTER to confirm the location
  - Press CTRL-C to abort the installation
  - Or specify a different location below
 
[/root/EMAN2] >>> /Appl/sphire/EMAN2     <-- インストール先を指定
PREFIX=/Appl/sphire/EMAN2
installing: python-2.7.13-1 ...
Python 2.7.13
installing: asn1crypto-0.22.0-py27_0 ...
 :
 :
INSTALLATION IS NOW COMPLETE
 
Please, go to http://blake.bcm.edu/emanwiki/EMAN2/Install/BinaryInstallAnaconda
for detailed installation instructions, testing and troubleshooting information.
If this installation is on a Linux cluster,
you will require additional steps before installation is complete!
 
installation finished.
Do you wish the installer to prepend the EMAN2 install location
to PATH in your /root/.bashrc ? [yes|no]
[no] >>>
 
You may wish to edit your .bashrc or prepend the EMAN2 install location:
 
$ export PATH=/Appl/sphire/EMAN2/bin:$PATH
 
Thank you for installing EMAN2!
[root@c src]#

利用ユーザには「export PATH=/Appl/sphire/EMAN2/bin:$PATH」を追加すればいいみたい

openMPI関連

openMPIライブラリを使って並列計算が可能なようで、その設定を続ける
まずは、/Appl/sphire/EMAN2を起点に用意されているopenmpiライブラリを削除して、再構築

[root@c ~]# echo $PATH
/bin:/usr/bin
[root@c ~]# export PATH=/Appl/sphire/EMAN2/bin:$PATH
 
[root@c ~]# echo $PATH
/Appl/sphire/EMAN2/bin:/bin:/usr/bin
 
[root@c ~]# cd /Appl/sphire/EMAN2
[root@c EMAN2]#
[root@c EMAN2]# bash ./utils/uninstall_openmpi.sh
+ source activate root
 :
 :
+ conda remove openmpi --force
Fetching package metadata .........
 
Package plan for package removal in environment /Appl/sphire/EMAN2:
 
The following packages will be REMOVED:
 
    openmpi: 2.1.1-0 conda-forge
 
Proceed ([y]/n)? y   <--- yを入力
 
[root@c EMAN2]#

これで /Appl/sphire/EMAN2/bin、/Appl/sphire/EMAN2/libらに存在するopenmpi関連が削除される

そして再構築

[root@c EMAN2]# bash ./utils/build_and_install_openmpi.sh
+ source activate root
 :
 :
BUILD START (revised): openmpi-2.0.2-1
Package: openmpi-2.0.2-1
 :
Package plan for installation in environment /Appl/sphire/EMAN2:
 
The following NEW packages will be INSTALLED:
 
    openmpi: 2.0.2-1 local
 
[root@c EMAN2]#

Pydusa

次にPydusaを再構築してインストール

[root@c EMAN2]# bash ./utils/build_pydusa_numpy.sh 1.8 --no-test
 :
 :
BUILD START (revised): fftw-mpi-3.3.6-0
Package: fftw-mpi-3.3.6-0
 :
BUILD START: pydusa-1.15-np18_0
 :
[root@c EMAN2]#
[root@c EMAN2]# bash ./utils/install_pydusa_numpy.sh 1.8

動作確認テスト

[illya@c ~]$ export PATH=/Appl/sphire/EMAN2/bin:$PATH
[illya@c ~]$ sparx
Python 2.7.13 | packaged by conda-forge | (default, May  2 2017, 12:48:11)
Type "copyright", "credits" or "license" for more information.
 
IPython 5.3.0 -- An enhanced Interactive Python.
?         -> Introduction and overview of IPython's features.
%quickref -> Quick reference.
help      -> Python's own help system.
object?   -> Details about 'object', use 'object??' for extra details.
/Appl/sphire/EMAN2/bin/sx_real.py:48: DeprecationWarning: `IPython.lib.inputhook` is deprecated 
                  since IPython 5.0 and will be removed in future versions.
  import IPython.lib.inputhook
Welcome to the interactive SPARX-NoGUI Python interface, provided by ipython
   SPARX v4.0 (GITHUB: 2017-05-31 22:16)
 
In [1]: import mpi
 
In [2]: Util.version()
  Compile time of util_sparx.cpp  May 31 2017  --  22:17:16
  Modification time: 05/24/2017  11:43 AM
 
In [3]: quit
[illya@c ~]$

これで一応完成

openmpiを1.10.xにする

既定ではopenmpi-2.0.2を使用しているが、CentOS7とCentOS6の混在環境だとこのopenmpiを共有できない
(openmpiのライブラリが参照する/lib64/libudev.soのバージョンが互いに異なるため)

変更箇所 *一部、pukiwiki表記のため編集してます

[root@c EMAN2]# diff -u ./recipes/openmpi/meta.yaml.orig ./recipes/openmpi/meta.yaml
--- ./recipes/openmpi/meta.yaml.orig    2017-06-08 11:29:13.391934898 +0900
+++ ./recipes/openmpi/meta.yaml 2017-06-08 11:40:05.398093432 +0900
@@ -1,4 +1,4 @@
-{% set version = "2.0.2" %}
+{% set version = "1.10.7" %}
 {% set major = ".".join(version.split(".")[:2]) %}
 
 package:
@@ -8,7 +8,7 @@
 source:
     fn: openmpi-{ { version } }.tar.bz2
     url: https://www.open-mpi.org/software/ompi/v{ { major } }/downloads/openmpi-{ { version } }.tar.bz2
-    sha1: 80e39bc76ac2e3caf958a3db9985a9c81fddb8a6
+    sha1: fe359d8caa4888625308cf03343d913dd5ac6198
 
 build:
     number: 1
[root@c EMAN2]#

実行

[root@c EMAN2]# bash ./utils/build_and_install_openmpi.sh
 :
BUILD START: openmpi-1.10.7-1
 :
Downloading source to cache: openmpi-1.10.7.tar.bz2
Downloading https://www.open-mpi.org/software/ompi/v1.10/downloads/openmpi-1.10.7.tar.bz2
 :
Package plan for installation in environment /Appl/sphire/EMAN2:
 
The following NEW packages will be INSTALLED:
 
    openmpi: 1.10.7-1 local
 
[root@c EMAN2]#

次にPydusaをインストールするが、先のまま実行する (実行しないとpython向けのmpiライブラリが変更されない)

[root@c EMAN2]# bash ./utils/build_pydusa_numpy.sh 1.8 --no-test
[root@c EMAN2]# bash ./utils/install_pydusa_numpy.sh 1.8

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Last-modified: 2017-06-08 (木) 12:45:25 (192d)