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本家様 https://pypi.org/project/starfile/
単純に「pip install starfile」で構築は完了するのですが、OSがCentOS7とかだとpython2.7でダメみたい。
融通よくするためにも pyenv/anaconda 環境の中で python3 が使える starfile 実行環境を用意するのが宜しいかと。
っで、まずは pyenv/anaconda環境. ここではcrYOLOのように環境を作っていて
git clone https://github.com/yyuu/pyenv.git /apps/pyenv
export PYENV_ROOT=/apps/pyenv
export PATH=$PYENV_ROOT/bin:$PATH
pyenv install --list <--これでanaconda,minicondaのバージョンが一覧されます.
pyenv install anaconda3-2024.02-1
pyenv global anaconda3-2024.02-1
source /apps/pyenv/versions/anaconda3-2024.02-1/etc/profile.d/conda.shもし既に環境が作られているのなら
source /apps/pyenv/versions/anaconda3-2024.02-1/etc/profile.d/conda.shとしておきます。
っでstarfile仮想実行環境を作ります.
conda create -n starfile pip
conda activate starfile
pip install starfileこれで完了です。
「/apps/modulefiles/starfile」
#%Module1.0
set root /apps/pyenv/versions/anaconda3-2024.02-1/envs/starfile
prepend-path PATH $root/binとします
「module load」でstarfileを読み込めば使えるかと。
[root@centos7 ~]# cat /etc/redhat-release
CentOS Linux release 7.9.2009 (Core)
[root@centos7 ~]# yum install python3
[root@centos7 ~]# pip3 install pandas
[root@centos7 ~]# pip3 install starfile使ってみる
[illya@centos7 ~]$ ls -l
total 4
-rw-rw-r--. 1 illya illya 786 Jun 11 19:13 particles.star
[illya@centos7 ~]$ cat particles.star
data_particles
loop_
_rlnCoordinateX #1
_rlnCoordinateY #2
_rlnCoordinateZ #3
_rlnAngleRot #4
_rlnAngleTilt #5
_rlnAnglePsi #6
_rlnMicrographName #7
91.798700 83.622600 203.341030 -51.740000 173.930000 32.971000 01_10.00Apx.mrc
97.635800 80.437000 203.136160 141.500000 171.760000 -134.680000 01_10.00Apx.mrc
92.415200 88.842700 210.663900 -78.750000 173.930000 87.263200 01_10.00Apx.mrc
94.607830 93.135410 205.425960 -85.215000 167.170000 85.632200 01_10.00Apx.mrc
86.187800 80.125400 204.558750 14.910000 163.260000 -16.030000 01_10.00Apx.mrc
91.824240 76.738300 203.794280 39.740000 168.410000 -57.250000 01_10.00Apx.mrc
98.253300 73.530100 203.856030 73.950000 166.380000 -84.640000 01_10.00Apx.mrc
101.303500 80.290800 194.790400 -178.878000 166.090000 73.181000 01_10.00Apx.mrc
[illya@centos7 ~]$
[illya@centos7 ~]$ python3
Python 3.6.8 (default, Nov 14 2023, 16:29:52)
[GCC 4.8.5 20150623 (Red Hat 4.8.5-44)] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>>
>>> import starfile
>>>
>>> df = starfile.read('particles.star')
>>>
>>> df['rlnCoordinateX'] += 10
>>> df.head()
rlnCoordinateX rlnCoordinateY rlnCoordinateZ rlnAngleRot rlnAngleTilt rlnAnglePsi rlnMicrographName
0 101.79870 83.62260 203.34103 -51.740 173.93 32.9710 01_10.00Apx.mrc
1 107.63580 80.43700 203.13616 141.500 171.76 -134.6800 01_10.00Apx.mrc
2 102.41520 88.84270 210.66390 -78.750 173.93 87.2632 01_10.00Apx.mrc
3 104.60783 93.13541 205.42596 -85.215 167.17 85.6322 01_10.00Apx.mrc
4 96.18780 80.12540 204.55875 14.910 163.26 -16.0300 01_10.00Apx.mrc
>>>
と実行できます
