本家様 https://github.com/tbepler/topaz
Scipionにも含まれてますが、単体で利用したいなら.
Anacondaを使ってtopaz向けの環境環境を作るのがいいみたい.
ここではcrYOLOのときにpyenv経由でAnacondaを敷いたのでそれをそのまま使うことにする
(crYOLOでのおさらい)
[root@c ~]# git clone https://github.com/yyuu/pyenv.git /apps/pyenv
[root@c ~]# export PYENV_ROOT=/apps/pyenv
[root@c ~]# export PATH=$PYENV_ROOT/bin:$PATH
[root@c ~]# eval "$(pyenv init - --no-rehash)"
[root@c ~]# pyenv install anaconda3-5.3.1
[root@c ~]# pyenv global anaconda3-5.3.1
[root@c ~]# export PATH=$PYENV_ROOT/versions/anaconda3-5.3.1/bin/:$PATH
[root@c ~]# conda update conda
(ここからtopaz)
[root@c ~]# conda env list
# conda environments:
#
/Appl/eman2.3
/Appl/eman2.31
base * /Appl/pyenv/versions/anaconda3-5.3.1
cinderella /Appl/pyenv/versions/anaconda3-5.3.1/envs/cinderella
cryolo /Appl/pyenv/versions/anaconda3-5.3.1/envs/cryolo
cryolo-1.5.4 /Appl/pyenv/versions/anaconda3-5.3.1/envs/cryolo-1.5.4
janni /Appl/pyenv/versions/anaconda3-5.3.1/envs/janni
pyem /Appl/pyenv/versions/anaconda3-5.3.1/envs/pyem
topaz /Appl/pyenv/versions/anaconda3-5.3.1/envs/topaz
transphire /Appl/pyenv/versions/anaconda3-5.3.1/envs/transphire
/Appl/scipion/software/em/eman-2.3
/home/cryosparc/software/cryosparc/cryosparc2_master/deps/anaconda
/home/cryosparc/software/cryosparc/cryosparc2_worker/deps/anaconda
[root@c ~]#
っとScipionで作った「topaz」がリストに入っている。なので別名(topaz-v0.2.3とか)で作ってみる
cryolo-1.5.4はScipion由来のcryoloです
topaz環境を作ります
環境構築には「conda create -n topaz-v0.2.3 python=3.6」でつくり、その環境をactivateします
[root@c ~]# conda create -n topaz-v0.2.3 python=3.6
[root@c ~]# source activate topaz-v0.2.3
(topaz-v0.2.3) [root@c ~]#
その後topazをインストールします
(topaz-v0.2.3) [root@c ~]# conda install topaz -c tbepler -c pytorch
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