topaz

コンテナ技術の Singularity を使って topaz を動かしてみます

まずは Singularity をインストール.
大抵OSのリポジトリに入ってますから

[root@rockylinux ~]# dnf install singularity

でインストールさせます.

既に構築された Singularity Image file が提供されているのですが、、

[root@rockylinux ~]# mkdir /apps/Singularity
[root@rockylinux ~]# cd /apps/Singularity
[root@rockylinux Singularity]# singularity pull shub://nysbc/topaz
[root@rockylinux Singularity]# ls -lh
total 2.8G
-rwxr-xr-x. 1 root root 2.8G Jul 19 02:48 topaz_latest.sif
[root@rockylinux Singularity]#

っでテストしてみたら

[illya@rockylinux test]$ singularity exec --nv /apps/Singularity/topaz_latest.sif /usr/local/conda/bin/topaz --version
TOPAZ 0.2.4
[illya@rockylinux test]$

とどうやら古いみたい...しかも動かない...

なので新規に作成してみた.
試行錯誤して作った定義ファイルが下記になる

[root@rockylinux Singularity]# vi topaz.def
BootStrap: docker
From: nvidia/cuda:11.7.0-runtime-ubuntu18.04
 
%post
  export TZ="Asia/Tokyo"
  ln -snf /usr/share/zoneinfo/$TZ /etc/localtime && echo $TZ > /etc/timezone
  apt update
  apt install git curl -y
  git clone https://github.com/yyuu/pyenv.git /apps/pyenv
  export PYENV_ROOT=/apps/pyenv
  export PATH=$PYENV_ROOT/bin:$PATH
  pyenv install miniconda3-4.7.12
  pyenv global miniconda3-4.7.12
  export PATH=$PYENV_ROOT/versions/miniconda3-4.7.12/bin/:$PATH
 
  if [ ! -e /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libffi.so.6 ] ; then ln -s /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libffi.so.7.1.0 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libffi.so.6 ; fi
 
  conda update conda -y
  conda create -n topaz python=3.6 -y
  export PATH=/apps/pyenv/versions/miniconda3-4.7.12/envs/topaz/bin:$PATH
  pip install topaz-em
  pip install https://download.pytorch.org/whl/cu113/torch-1.10.1%2Bcu113-cp36-cp36m-linux_x86_64.whl
 
%environment
  PATH=/apps/pyenv/versions/miniconda3-4.7.12/envs/topaz/bin:$PATH
 
[root@rockylinux Singularity]#
 
[root@rockylinux Singularity]# singularity build topaz.sif topaz.def

使ってみる

[illya@rockylinux test]$ cp /apps/GCTF_Gautomatch_Cu10.1/ribosome/test[78].mrc .
[illya@rockylinux test]$ mkdir topaz
[illya@rockylinux test]$ cd topaz/
[illya@rockylinux topaz]$ singularity  exec --nv /apps/Singularity/topaz.sif topaz preprocess -v -s 8 -o ./ ../test[78].mrc
# processed: test7
# processed: test8
[illya@rockylinux topaz]$
[illya@rockylinux topaz]$ singularity  exec --nv /apps/Singularity/topaz.sif  topaz extract -r 14 -o predicted_particles.txt *.mrc -d 0

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Last-modified: 2022-07-19 (火) 12:41:34 (67d)