いつもは anacoda を使っていますが、miniconda で仕上げる必要が出てきた

いつものように pyenv でconda環境を切り替えれるようにして、その上にminicondaを敷いた.

git clone https://github.com/yyuu/pyenv.git /apps/pyenv
export PYENV_ROOT=/apps/pyenv
export PATH=$PYENV_ROOT/bin:$PATH
 
pyenv install miniconda3-4.7.12
pyenv global miniconda3-4.7.12
export PATH=$PYENV_ROOT/versions/miniconda3-4.7.12/bin/:$PATH

「conda update conda」を実行すると「ImportError: libffi.so.6: cannot open shared object file: No such file or directory」と言われる可能性があるのでやめた方がいいのかも

っで pyenv/miniconda 環境が用意できた。
ここでライセンスのお話から anaconda由来のパッケージはダメで、conda-forge 由来に限定させてみる。
miniconda参照

[root@rockylinux9 ~]# conda config --get channels
 
[root@rockylinux9 ~]# conda config --add channels conda-forge
[root@rockylinux9 ~]# conda config --get channels
--add channels 'defaults'   # lowest priority
--add channels 'conda-forge'   # highest priority
 
[root@rockylinux9 ~]# conda config --remove channels defaults
[root@rockylinux9 ~]# conda config --get channels
--add channels 'conda-forge'   # lowest priority
 
[root@rockylinux9 ~]#

これで「conda-forge」のみ参照となる。 リポジトリがconda-forgeのみって感じでしょうか

これでtopaz実行環境を作ってpip経由で本体を入れます.
conda経由で行うとcudatoolkitが10系のみでそれはAmpareGPU(30x0系)には対応しないので.
別途「conda install cudatoolkit=11」を行ってもコンフリクトでダメだった

[root@rockylinux9 ~]# cat /proc/driver/nvidia/version
NVRM version: NVIDIA UNIX x86_64 Kernel Module  525.105.17  Tue Mar 28 18:02:59 UTC 2023
GCC version:  gcc version 11.3.1 20220421 (Red Hat 11.3.1-2) (GCC)
 
[root@rockylinux9 ~]# conda create -n topaz python=3.6 -y
[root@rockylinux9 ~]# source activate topaz
(topaz) [root@rockylinux9 ~]#
(topaz) [root@rockylinux9 ~]# pip install topaz-em
 
(topaz) [root@rockylinux9 ~]# conda list
# packages in environment at /apps/pyenv/versions/miniconda3-4.7.12/envs/topaz:
#
# Name                    Version                   Build  Channel
_libgcc_mutex             0.1                 conda_forge    conda-forge
_openmp_mutex             4.5                       2_gnu    conda-forge
ca-certificates           2022.12.7            ha878542_0    conda-forge
certifi                   2016.9.26                py36_0    conda-forge
dataclasses               0.8                      pypi_0    pypi
future                    0.18.3                   pypi_0    pypi
joblib                    1.1.1                    pypi_0    pypi
ld_impl_linux-64          2.40                 h41732ed_0    conda-forge
libffi                    3.4.2                h7f98852_5    conda-forge
libgcc-ng                 12.2.0              h65d4601_19    conda-forge
libgomp                   12.2.0              h65d4601_19    conda-forge
libnsl                    2.0.0                h7f98852_0    conda-forge
libsqlite                 3.40.0               h753d276_0    conda-forge
libstdcxx-ng              12.2.0              h46fd767_19    conda-forge
libzlib                   1.2.13               h166bdaf_4    conda-forge
ncurses                   6.3                  h27087fc_1    conda-forge
numpy                     1.19.5                   pypi_0    pypi
openssl                   1.1.1t               h0b41bf4_0    conda-forge
pandas                    1.1.5                    pypi_0    pypi
pillow                    8.4.0                    pypi_0    pypi
pip                       20.0.2                   py36_1    conda-forge
python                    3.6.15          hb7a2778_0_cpython    conda-forge
python-dateutil           2.8.2                    pypi_0    pypi
python_abi                3.6                     2_cp36m    conda-forge
pytz                      2023.3                   pypi_0    pypi
readline                  8.2                  h8228510_1    conda-forge
scikit-learn              0.24.2                   pypi_0    pypi
scipy                     1.5.4                    pypi_0    pypi
setuptools                49.6.0           py36h5fab9bb_3    conda-forge
six                       1.16.0                   pypi_0    pypi
sqlite                    3.40.0               h4ff8645_0    conda-forge
threadpoolctl             3.1.0                    pypi_0    pypi
tk                        8.6.12               h27826a3_0    conda-forge
topaz-em                  0.2.5                    pypi_0    pypi
torch                     1.10.2                   pypi_0    pypi
torchvision               0.11.2                   pypi_0    pypi
typing-extensions         4.1.1                    pypi_0    pypi
wheel                     0.34.2                   py36_0    conda-forge
xz                        5.2.6                h166bdaf_0    conda-forge
(topaz) [root@rockylinux9 ~]#

「torch」がgpu対応じゃないのでhttps://download.pytorch.org/whl/torch/を参照してgpu対応品に差し替えします

(topaz) [root@rockylinux9 ~]# pip install https://download.pytorch.org/whl/cu113/torch-1.10.2%2Bcu113-cp36-cp36m-linux_x86_64.whl
 
(確認)
(topaz) [root@rockylinux9 ~]# conda list
 :
topaz-em                  0.2.5                    pypi_0    pypi
torch                     1.10.2+cu113             pypi_0    pypi
torchvision               0.11.2                   pypi_0    pypi
 :
(topaz) [root@rockylinux9 ~]# conda deactivate
[root@rockylinux9 ~]#

Environment Modules

[root@rockylinux9 ~]# vi /apps/modulefiles/topaz
#%Module
set          root /apps/pyenv/versions/miniconda3-4.7.12/envs/topaz
prepend-path PATH $root/bin
 
[root@rockylinux9 ~]#

メモ

python3.8で同様に作ったら
「UserWarning: The given NumPy array is not writable, and PyTorch does not support non-writable tensors. (略」とワーニングが表示される

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Last-modified: 2023-04-02 (日) 14:11:03