いつもは anacoda を使っていますが、miniconda で仕上げる必要が出てきた
いつものように pyenv でconda環境を切り替えれるようにして、その上にminicondaを敷いた.
git clone https://github.com/yyuu/pyenv.git /apps/pyenv
export PYENV_ROOT=/apps/pyenv
export PATH=$PYENV_ROOT/bin:$PATH
pyenv install miniconda3-4.7.12
pyenv global miniconda3-4.7.12
export PATH=$PYENV_ROOT/versions/miniconda3-4.7.12/bin/:$PATH
「conda update conda」を実行すると「ImportError: libffi.so.6: cannot open shared object file: No such file or directory」と言われる可能性があるのでやめた方がいいのかも
っで pyenv/miniconda 環境が用意できた。
ここでライセンスのお話から anaconda由来のパッケージはダメで、conda-forge 由来に限定させてみる。
miniconda参照
[root@rockylinux9 ~]# conda config --get channels
[root@rockylinux9 ~]# conda config --add channels conda-forge
[root@rockylinux9 ~]# conda config --get channels
--add channels 'defaults' # lowest priority
--add channels 'conda-forge' # highest priority
[root@rockylinux9 ~]# conda config --remove channels defaults
[root@rockylinux9 ~]# conda config --get channels
--add channels 'conda-forge' # lowest priority
[root@rockylinux9 ~]#
これで「conda-forge」のみ参照となる。 リポジトリがconda-forgeのみって感じでしょうか
これでtopaz実行環境を作ってpip経由で本体を入れます.
conda経由で行うとcudatoolkitが10系のみでそれはAmpareGPU(30x0系)には対応しないので.
別途「conda install cudatoolkit=11」を行ってもコンフリクトでダメだった
[root@rockylinux9 ~]# cat /proc/driver/nvidia/version
NVRM version: NVIDIA UNIX x86_64 Kernel Module 525.105.17 Tue Mar 28 18:02:59 UTC 2023
GCC version: gcc version 11.3.1 20220421 (Red Hat 11.3.1-2) (GCC)
[root@rockylinux9 ~]# conda create -n topaz python=3.6 -y
[root@rockylinux9 ~]# source activate topaz
(topaz) [root@rockylinux9 ~]#
(topaz) [root@rockylinux9 ~]# pip install topaz-em
(topaz) [root@rockylinux9 ~]# conda list
# packages in environment at /apps/pyenv/versions/miniconda3-4.7.12/envs/topaz:
#
# Name Version Build Channel
_libgcc_mutex 0.1 conda_forge conda-forge
_openmp_mutex 4.5 2_gnu conda-forge
ca-certificates 2022.12.7 ha878542_0 conda-forge
certifi 2016.9.26 py36_0 conda-forge
dataclasses 0.8 pypi_0 pypi
future 0.18.3 pypi_0 pypi
joblib 1.1.1 pypi_0 pypi
ld_impl_linux-64 2.40 h41732ed_0 conda-forge
libffi 3.4.2 h7f98852_5 conda-forge
libgcc-ng 12.2.0 h65d4601_19 conda-forge
libgomp 12.2.0 h65d4601_19 conda-forge
libnsl 2.0.0 h7f98852_0 conda-forge
libsqlite 3.40.0 h753d276_0 conda-forge
libstdcxx-ng 12.2.0 h46fd767_19 conda-forge
libzlib 1.2.13 h166bdaf_4 conda-forge
ncurses 6.3 h27087fc_1 conda-forge
numpy 1.19.5 pypi_0 pypi
openssl 1.1.1t h0b41bf4_0 conda-forge
pandas 1.1.5 pypi_0 pypi
pillow 8.4.0 pypi_0 pypi
pip 20.0.2 py36_1 conda-forge
python 3.6.15 hb7a2778_0_cpython conda-forge
python-dateutil 2.8.2 pypi_0 pypi
python_abi 3.6 2_cp36m conda-forge
pytz 2023.3 pypi_0 pypi
readline 8.2 h8228510_1 conda-forge
scikit-learn 0.24.2 pypi_0 pypi
scipy 1.5.4 pypi_0 pypi
setuptools 49.6.0 py36h5fab9bb_3 conda-forge
six 1.16.0 pypi_0 pypi
sqlite 3.40.0 h4ff8645_0 conda-forge
threadpoolctl 3.1.0 pypi_0 pypi
tk 8.6.12 h27826a3_0 conda-forge
topaz-em 0.2.5 pypi_0 pypi
torch 1.10.2 pypi_0 pypi
torchvision 0.11.2 pypi_0 pypi
typing-extensions 4.1.1 pypi_0 pypi
wheel 0.34.2 py36_0 conda-forge
xz 5.2.6 h166bdaf_0 conda-forge
(topaz) [root@rockylinux9 ~]#
「torch」がgpu対応じゃないのでhttps://download.pytorch.org/whl/torch/
を参照してgpu対応品に差し替えします
(topaz) [root@rockylinux9 ~]# pip install https://download.pytorch.org/whl/cu113/torch-1.10.2%2Bcu113-cp36-cp36m-linux_x86_64.whl
(確認)
(topaz) [root@rockylinux9 ~]# conda list
:
topaz-em 0.2.5 pypi_0 pypi
torch 1.10.2+cu113 pypi_0 pypi
torchvision 0.11.2 pypi_0 pypi
:
(topaz) [root@rockylinux9 ~]# conda deactivate
[root@rockylinux9 ~]#
Environment Modules †
[root@rockylinux9 ~]# vi /apps/modulefiles/topaz
#%Module
set root /apps/pyenv/versions/miniconda3-4.7.12/envs/topaz
prepend-path PATH $root/bin
[root@rockylinux9 ~]#
メモ †
python3.8で同様に作ったら
「UserWarning: The given NumPy array is not writable, and PyTorch does not support non-writable tensors. (略」とワーニングが表示される
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