ubuntu

ubuntu20.04 LTS

パッケージ管理ubuntu/apt

nvidiaドライバーインストール†

ubuntuの場合はnvidia提供のドライバーをダウンロードしてインストールでもいいし、os提供のドライバーでも行けるみたい
参照NVIDIA/ubuntu

開発環境†

apt install build-essential mpi-default-dev git
apt install libfftw3-dev libtiff-dev

↑

nfsマウント†

apt install nfs-kernel-server

↑

singularityのインストール†

20.04向けのパッケージはないみたい. っでコンパイルして作るしかない模様. だが「alien」を使えばrpmで代用できるそうな

root@ubuntu:~# grep PRETTY_NAME /etc/os-release
PRETTY_NAME="Ubuntu 20.04.5 LTS"
 
root@ubuntu:~# apt install alien
 
root@ubuntu:~# wget https://dl.fedoraproject.org/pub/epel/8/Everything/x86_64/Packages/s/singularity-3.8.7-1.el8.x86_64.rpm
 
root@ubuntu:~# alien -d singularity-3.8.7-1.el8.x86_64.rpm
 
root@ubuntu:~# ls -l singularity*
-rw-r--r-- 1 root root 38062292  3月 18  2022 singularity-3.8.7-1.el8.x86_64.rpm
-rw-r--r-- 1 root root 27263652 11月 29 13:16 singularity_3.8.7-2_amd64.deb
root@ubuntu:~#
 
root@ubuntu:~# apt install ./singularity_3.8.7-2_amd64.deb
 
root@ubuntu:~# echo "user.max_user_namespaces=10000" >> /etc/sysctl.conf
root@ubuntu:~# sysctl -p
root@ubuntu:~# singularity config fakeroot --add illya

↑

OSインストール†

物理マシンに対して行ってます

対称にはnvidiaカード(GeForce GT 710)が搭載されている. CPU由来とこのカード由来の２つのモニター出力が選べるが、
ここではBIOS操作にてpci-e由来の「GeForce GT 710」をプライマリーにしてモニターを接続している. CPU系統のオンボードVGAにはモニターは繋げていない

取得した「ubuntu-20.04.2-desktop-amd64.iso」を8GB USBメモリーに焼く Win32DiskImager-0.9.5を使用

USBメモリーを装着させ電源ボタンを押下. 直後にbootデバイス指定のためにF11を押下して、USBメモリーからのbootとする.

BIOSのboot選択画面に、UEFIかBIOSかを問われる
留意 BIOS経由、UEFI経由ともどちらを選んでもOSインストール設定画面になるが、作業完了後に再起動するとBIOS経由では grub 画面が表示される

ここではUEFI経由でインストールを行う. GNU GRUB画面で「Ubuntu(safe graphics)」を選ぶ. 「nomodeset」が有効になる
「Ubuntu」を選ぶとその後の操作で画面が上下で縮小され歪んだ画面で操作することになる. どうもrefreshレートが高く定義されているようでOSインストール完了後このレートを60Hzに変更すれば解消されるみたい

既設のストレージがLVMで構成されていると弄れない..
単にスライスされていれば手動で新たな領域を作り出すことは可能
ネットワークの設定が出来ない
DHCPがあればOSインストール時のupdateが可能. 無ければないでOSインストールは可能. 再起動後に手動でip設定を行えばいいだけ
system領域をLVMでお任せ作成するとswapは2GBになる
メモリー搭載量次第かもしれない

サードパティのプログラムをOSインストール時に組み込ませると、GNU GRUB画面で「Ubuntu」を選び歪んだ画面の中でも再起動後には正しい画面になった.

nvidia.koはインストールされるが cuda ライブラリ関係はインストールされない模様
ドライバーは 460.32.03 がインストールされる OSインストール中のupdateが有効なら 460.39 にupgradeされる. cuda 11.2向けドライバ
```
root@e:~# cat /proc/driver/nvidia/version
NVRM version: NVIDIA UNIX x86_64 Kernel Module  460.32.03  Sun Dec 27 19:00:34 UTC 2020
GCC version:
root@e:~#
```

↑

cudaインストール†

nvidia cudaのサイトでは下記バージョンを utuntu20.04 対応品としている.

CUDA Toolkit 11.2 Update 2
CUDA Toolkit 11.1 Update 1
CUDA Toolkit 11.0 Update 1

一方でubuntuでは自身のリポジトリから提供するcudaライブラリもある.　下記コマンドで入れられる.

root@e:~# apt install nvidia-cuda-toolkit

ただ現状インストールされるcudaライブラリは10.1みたい. cudaドライバは11.2とかで使える最新なのですが、cudaライブラリは古い.
なので本家のnvidiaから提供されているcudaライブラリを利用します. こちらなら cudaドライバ、ライブラリ共に 11.2 になる.

wget https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/repos/ubuntu2004/x86_64/cuda-ubuntu2004.pin
mv cuda-ubuntu2004.pin /etc/apt/preferences.d/cuda-repository-pin-600
wget https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/11.2.2/local_installers/cuda-repo-ubuntu2004-11-2-local_11.2.2-460.32.03-1_amd64.deb
dpkg -i cuda-repo-ubuntu2004-11-2-local_11.2.2-460.32.03-1_amd64.deb
apt-key add /var/cuda-repo-ubuntu2004-11-2-local/7fa2af80.pub
apt-get update
apt-get -y install cuda

cuda-11.7なら

wget https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/repos/ubuntu2004/x86_64/cuda-ubuntu2004.pin
sudo mv cuda-ubuntu2004.pin /etc/apt/preferences.d/cuda-repository-pin-600
wget https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/11.7.0/local_installers/cuda-repo-ubuntu2004-11-7-local_11.7.0-515.43.04-1_amd64.deb
sudo dpkg -i cuda-repo-ubuntu2004-11-7-local_11.7.0-515.43.04-1_amd64.deb
sudo cp /var/cuda-repo-ubuntu2004-11-7-local/cuda-*-keyring.gpg /usr/share/keyrings/
sudo apt-get update
sudo apt-get -y install cuda

この際のフォルダ構成は下記になります

root@e:~# ls -ld /usr/local/cuda*
lrwxrwxrwx  1 root root  22  4月  6 13:24 /usr/local/cuda -> /etc/alternatives/cuda
lrwxrwxrwx  1 root root  25  4月  6 13:24 /usr/local/cuda-11 -> /etc/alternatives/cuda-11
drwxr-xr-x 15 root root 293  4月  6 13:24 /usr/local/cuda-11.2
root@e:~#

クライオ関係のアプリに於いて最新の11.2があれば大抵は大丈夫だが、Gautomatch,GCTFには10.2のcudaライブラリが必要.
ubuntu20.04でサポート外のcuda10.2をインストールするには runfile形式のインストールファイルを使って入れる.
その際、インストールする対象物は「CUDA Runtime」だけにします.

wget https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/10.2/Prod/local_installers/cuda_10.2.89_440.33.01_linux.run
chmod +x cuda_10.2.89_440.33.01_linux.run
./cuda_10.2.89_440.33.01_linux.run --override

これでインストールを行うと下記のようになる

root@e:~# ls -ld /usr/local/cuda*
lrwxrwxrwx  1 root root  22  4月  6 13:24 /usr/local/cuda -> /etc/alternatives/cuda
drwxr-xr-x  4 root root  95  4月  6 13:31 /usr/local/cuda-10.2
lrwxrwxrwx  1 root root  25  4月  6 13:24 /usr/local/cuda-11 -> /etc/alternatives/cuda-11
drwxr-xr-x 15 root root 293  4月  6 13:24 /usr/local/cuda-11.2
root@e:~#

もしcudaへのリンクが10.2とかになっていたら「update-alternatives」を使って調整するのだが使い勝手が微妙

↑

cryoアプリ†

「apt install environment-modules」

relion

apt install cmake git build-essential mpi-default-bin mpi-default-dev libfftw3-dev libtiff-dev libfltk1.3-dev libx11-dev libpng-dev python2 python-tk
apt install evince texlive-fonts-extra texlive-fonts-recommended texlive-lang-cjk xdvik-ja
mkdir -p /apps/src && cd $_
git clone https://github.com/3dem/relion && cd relion
git checkout ver3.1
mkdir b && cd $_
cmake -DCUDA_ARCH=35 -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/apps/relion-3.1.3 ..

*公式にさらに「libfltk1.3-dev」「libx11-dev」「libpng-dev」を追加してます. 「-DCUDA_ARCH=」はGeForceGTX10xxなら61、GeForceRTX20xxなら75、GeForceRTX30xxなら86
「libpng-dev」は不要かも

sidesplitter

cd /apps
git clone https://github.com/StructuralBiology-ICLMedicine/SIDESPLITTER
cd SIDESPLITTER
bash compile.sh
chmod +x sidesplitter_wrapper.sh

chimeraX

dpkg -i ucsf-chimerax-1.3ubuntu20.04_amd64.deb

chimera

chmod +x chimera-1.16-linux_x86_64.bin
./chimera-1.16-linux_x86_64.bin

pymol

apt install python3-dev python3-distutils libglew-dev libglm-dev libfreetype-dev libxml2-dev libnetcdf-dev python3-pyqt5.qtopengl
git clone https://github.com/schrodinger/pymol-open-source
python3 setup.py build
python3 setup.py install --prefix=/apps/PyMOL

eman2

bash ./eman2.91_sphire1.4_sparx.linux64.sh

imod
```
bash ./imod_4.11.3_RHEL7-64_CUDA8.0.sh -dir /apps -script /apps
```
*「/usr/bin/python」を求める. ない場合はpyhton3へのリンクとなるが、ここが留意点かな

pyenv/anaconda

git clone https://github.com/yyuu/pyenv.git /apps/pyenv
export PYENV_ROOT=/apps/pyenv
export PATH=$PYENV_ROOT/bin:$PATH
eval "$(pyenv init - --no-rehash)"
pyenv install anaconda3-5.3.1
pyenv global anaconda3-5.3.1
export PATH=$PYENV_ROOT/versions/anaconda3-5.3.1/bin/:$PATH
conda update conda

minicondaでconda-forgeで攻めるなら

git clone https://github.com/yyuu/pyenv.git /apps/pyenv
export PYENV_ROOT=/apps/pyenv
export PATH=$PYENV_ROOT/bin:$PATH
pyenv install miniconda3-4.7.12
pyenv global miniconda3-4.7.12
export PATH=$PYENV_ROOT/versions/miniconda3-4.7.12/bin/:$PATH
conda config --add channels conda-forge
conda config --remove channels defaults
conda update conda -y

coot
ubuntu22.04はそのままでは駄目.
http://nz2.archive.ubuntu.com/ubuntu/pool/main/o/openssl/にある「libssl1.1_1.1.1f-1ubuntu2.20_amd64.deb」が必要っぽい
```
dpkg -i /Public/em/libssl1.1_1.1.1f-1ubuntu2.20_amd64.deb
cd /apps
tar xf /Public/em/coot-0.9.8-binary-Linux-x86_64-ubuntu-20.04.4-python-gtk2.tar.gz
```
phenix

↑

sshの有効化†

既定ではsshサーバは入っていない

apt update
apt install openssh-server
vi /etc/ssh/sshd_config
  PermitRootLogin yes
systemctl restart sshd

↑

rootの有効化†

sudo su - root
passwd

↑

自動update禁止†

vi /etc/apt/apt.conf.d/20auto-upgrades
  APT::Periodic::Update-Package-Lists "0";
  APT::Periodic::Unattended-Upgrade "0";

↑

autofs†

root@e:~# apt install autofs
root@e:~# echo "/- /etc/auto.home" >> /etc/auto.master
root@e:~# echo "/home c:/home" >> /etc/auto.home
root@e:~# systemctl restart autofs

↑

ldapと連携†

root@e:~# apt install libnss-ldapd libpam-ldapd ldap-utils nscd ldap-auth-config

パッケージのインストールと共に「nslcd」が起動する

LDAP server URI:	ldap://192.168.0.81/
LDAP server search base:	dc=sybyl,dc=local

この次に「libnss-ldapd」の設定が続く

Name services to configure:

passwd,group,shadowを選択

引き続き「ldap-auth-config」の設定が行われる

LDAP server Uniform Resource Identifier:	ldap://192.168.0.81/
Distinguished name of the search base:	dc=sybyl,dc=local
LDAP version to use:	3
Make local root Database admin:	No
Does the LDAP database require login?	No

これで完了.
pamの設定は「pam-auth-update」で修正可能. 「ldap-auth-config」の再定義は下記コマンドで修正します

root@e:~# dpkg-reconfigure ldap-auth-config

もしldapへの接続がanonymousでは駄目な場合は下記コマンドで修正します.

root@e:~# dpkg-reconfigure nslcd

LDAP server URI:	ldap://192.168.0.81/
LDAP server search base:	dc=sybyl,dc=local
LDAP authentication to use:	simple *規定はnoneみたい
LDAP database user:	cn=Manager,dc=sybyl,dc=local *だれでもいい
LDAP user password:	[LDAP database user]のパスワード
Use StartTLS?	No

この定義は「/etc/nslcd.conf」に反映される

root@ubuntu:/etc# grep -v -e '^\s*#' -e '^\s*$' /etc/nslcd.conf
uid nslcd
gid nslcd
uri ldap://192.168.0.81/
base dc=sybyl,dc=local
binddn cn=Manager,dc=sybyl,dc=local
bindpw xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
tls_cacertfile /etc/ssl/certs/ca-certificates.crt
root@ubuntu:/etc#

*生のパスワードが記載される..一応ファイルパーミッション的にはrootしか見れないけど
getent passwdでユーザは見えるがidコマンドではユーザが見えない...っで再起動したら見える...なんで?

↑

ldapと連携(その２)†

sssを使う場合

root@ubuntu:~# apt install sssd sssd-ldap
root@ubuntu:~# /etc/sssd/sssd.conf
[domain/default]
 
autofs_provider = ldap
cache_credentials = True
ldap_search_base = dc=sybyl,dc=local
id_provider = ldap
auth_provider = ldap
chpass_provider = ldap
ldap_uri = ldap://192.168.0.81/
ldap_id_use_start_tls = False
ldap_tls_cacertdir = /etc/openldap/cacerts
ldap_tls_reqcert = never
 
# ldapサーバがanonymousを拒否するなら代理を立てる. ここではadminを立てているが誰でもいい
#ldap_default_bind_dn = cn=admin,dc=sybyl,dc=local
#ldap_default_authtok = xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
 
[sssd]
services = nss, pam, autofs
 
domains = default
[nss]
homedir_substring = /home
 
[pam]
 
[sudo]
 
[autofs]
 
[ssh]
 
[pac]
 
[ifp]
 
[secrets]
 
[session_recording]
 
root@ubuntu:~# chmod 600 /etc/sssd/sssd.conf
root@ubuntu:~# systemctl restart sssd

↑

nisとの連携†

↑

samba-adとの連携†

↑

Teamviewer†

root@e:~# apt install ./teamviewer_15.16.8_amd64.deb
 :
root@e:~# ps -ef |grep team
root       33589       1  0 16:27 ?        00:00:00 /opt/teamviewer/tv_bin/teamviewerd -d
root       34141   33011  0 16:27 pts/1    00:00:00 grep --color=auto team
root@e:~#

↑

environment-modules†

root@e:~# apt install environment-modules
root@e:~# dpkg -L environment-modules
root@e:~# vi /usr/share/modules/init/.modulespath
 :
 :
/apps/modulefiles
 
root@e:~#

↑

メモ†

リポジトリ一覧

root@ubuntu:~# grep -v -e '^\s*#' -e '^\s*$' /etc/apt/sources.list
deb http://jp.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal main restricted
deb http://jp.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal-updates main restricted
deb http://jp.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal universe
deb http://jp.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal-updates universe
deb http://jp.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal multiverse
deb http://jp.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal-updates multiverse
deb http://jp.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal-backports main restricted universe multiverse
deb http://security.ubuntu.com/ubuntu focal-security main restricted
deb http://security.ubuntu.com/ubuntu focal-security universe
deb http://security.ubuntu.com/ubuntu focal-security multiverse
root@ubuntu:~#

初回ログイン時に出てくる案内をやめたい

root@ubuntu:~# apt remove gnome-initial-setup

あとこれも

apt remove update-notifier

sshログイン時のメッセージも辞めたい

root@ubuntu:~# chmod -x /etc/update-motd.d/*

↑

自動更新を止める†

これかな
https://qiita.com/latin1/items/a8db4dff2ba5480e3cd7

↑

無線†

「Buffalo WI-U3-866DS」は「RTL8812AU」チップ
「apt install rtl8812au-dkms」か「apt install realtek-rtl88xxau-dkms」
あるいは

git clone https://github.com/gnab/rtl8812au
cd rtl8812au
make
sudo insmod 8812au.ko
sudo cp 8812au.ko /lib/modules/$(uname -r)/kernel/drivers/net/wireless
sudo depmod
echo 8812au | sudo tee -a /etc/modules

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