ubuntu20.04 LTS

ubuntu/18.04,ubuntu/16.04

OSインストール

物理マシンに対して行ってます

対称にはnvidiaカード(GeForce GT 710)が搭載されている. CPU由来とこのカード由来の2つのモニター出力が選べるが、
ここではBIOS操作にてpci-e由来の「GeForce GT 710」をプライマリーにしてモニターを接続している. CPU系統のオンボードVGAにはモニターは繋げていない

取得した「ubuntu-20.04.2-desktop-amd64.iso」を8GB USBメモリーに焼く Win32DiskImager-0.9.5を使用

USBメモリーを装着させ電源ボタンを押下. 直後にbootデバイス指定のためにF11を押下して、USBメモリーからのbootとする.

BIOSのboot選択画面に、UEFIかBIOSかを問われる
留意 BIOS経由、UEFI経由ともどちらを選んでもOSインストール設定画面になるが、作業完了後に再起動するとBIOS経由では grub 画面が表示される

ここではUEFI経由でインストールを行う. GNU GRUB画面で「Ubuntu(safe graphics)」を選ぶ. 「nomodeset」が有効になる
「Ubuntu」を選ぶとその後の操作で画面が上下で縮小され歪んだ画面で操作することになる. どうもrefreshレートが高く定義されているようでOSインストール完了後このレートを60Hzに変更すれば解消されるみたい

  • 既設のストレージがLVMで構成されていると弄れない..
    単にスライスされていれば手動で新たな領域を作り出すことは可能
  • ネットワークの設定が出来ない
    DHCPがあればOSインストール時のupdateが可能. 無ければないでOSインストールは可能. 再起動後に手動でip設定を行えばいいだけ
  • system領域をLVMでお任せ作成するとswapは2GBになる
    メモリー搭載量次第かもしれない

サードパティのプログラムをOSインストール時に組み込ませると、GNU GRUB画面で「Ubuntu」を選び歪んだ画面の中でも再起動後には正しい画面になった.

  • nvidia.koはインストールされるが cuda ライブラリ関係はインストールされない模様
  • ドライバーは 460.32.03 がインストールされる OSインストール中のupdateが有効なら 460.39 にupgradeされる. cuda 11.2向けドライバ
    root@e:~# cat /proc/driver/nvidia/version
    NVRM version: NVIDIA UNIX x86_64 Kernel Module  460.32.03  Sun Dec 27 19:00:34 UTC 2020
    GCC version:
    root@e:~#

cudaインストール

nvidia cudaのサイトでは 下記バージョンを utuntu20.04 対応品としている.

  • CUDA Toolkit 11.2 Update 2
  • CUDA Toolkit 11.1 Update 1
  • CUDA Toolkit 11.0 Update 1

一方でubuntuでは自身のリポジトリから提供するcudaライブラリもある.  下記コマンドで入れられる.

root@e:~# apt install nvidia-cuda-toolkit

ただ現状インストールされるcudaライブラリは10.1みたい. cudaドライバは11.2とかで使える最新なのですが、cudaライブラリは古い.
なので本家のnvidiaから提供されているcudaライブラリを利用します. こちらなら cudaドライバライブラリ 共に 11.2 になる.

wget https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/repos/ubuntu2004/x86_64/cuda-ubuntu2004.pin
mv cuda-ubuntu2004.pin /etc/apt/preferences.d/cuda-repository-pin-600
wget https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/11.2.2/local_installers/cuda-repo-ubuntu2004-11-2-local_11.2.2-460.32.03-1_amd64.deb
dpkg -i cuda-repo-ubuntu2004-11-2-local_11.2.2-460.32.03-1_amd64.deb
apt-key add /var/cuda-repo-ubuntu2004-11-2-local/7fa2af80.pub
apt-get update
apt-get -y install cuda

この際のフォルダ構成は下記になります

root@e:~# ls -ld /usr/local/cuda*
lrwxrwxrwx  1 root root  22  4月  6 13:24 /usr/local/cuda -> /etc/alternatives/cuda
lrwxrwxrwx  1 root root  25  4月  6 13:24 /usr/local/cuda-11 -> /etc/alternatives/cuda-11
drwxr-xr-x 15 root root 293  4月  6 13:24 /usr/local/cuda-11.2
root@e:~#

クライオ関係のアプリに於いて最新の11.2があれば大抵は大丈夫だが、Gautomatch,GCTFには10.2のcudaライブラリが必要.
ubuntu20.04でサポート外のcuda10.2をインストールするには runfile形式のインストールファイル を使って入れる.
その際、インストールする対象物は「CUDA Runtime」だけにします.

wget https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/10.2/Prod/local_installers/cuda_10.2.89_440.33.01_linux.run
chmod +x cuda_10.2.89_440.33.01_linux.run
./cuda_10.2.89_440.33.01_linux.run --override

2021y04m06d_132700770.png
これでインストールを行うと下記のようになる

root@e:~# ls -ld /usr/local/cuda*
lrwxrwxrwx  1 root root  22  4月  6 13:24 /usr/local/cuda -> /etc/alternatives/cuda
drwxr-xr-x  4 root root  95  4月  6 13:31 /usr/local/cuda-10.2
lrwxrwxrwx  1 root root  25  4月  6 13:24 /usr/local/cuda-11 -> /etc/alternatives/cuda-11
drwxr-xr-x 15 root root 293  4月  6 13:24 /usr/local/cuda-11.2
root@e:~#

もしcudaへのリンクが10.2とかになっていたら「update-alternatives」を使って調整するのだが使い勝手が微妙

cryoアプリ

  • relion
    apt install cmake git build-essential mpi-default-bin mpi-default-dev libfftw3-dev libtiff-dev libfltk1.3-dev libx11-dev libpng-dev
    mkdir -p /apps/src && cd $_
    git clone https://github.com/3dem/relion && cd relion
    git checkout -b 3.1.2 refs/tags/3.1.2
    mkdir b && cd $_
    cmake -DCUDA_ARCH=35 -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/apps/relion-3.1.2 ..
    *公式にさらに「libfltk1.3-dev」「libx11-dev」「libpng-dev」を追加してます. 「-DCUDA_ARCH=」はGeForceGTX10xxなら61、GeForceRTX20xxなら75、GeForceRTX30xxなら86
    「libpng-dev」は不要かも
  • sidesplitter
    cd /apps
    git clone https://github.com/StructuralBiology-ICLMedicine/SIDESPLITTER
    cd SIDESPLITTER
    bash compile.sh
    chmod +x sidesplitter_wrapper.sh
  • chimera
    chmod +x chimera-1.15-linux_x86_64.bin
    ./chimera-1.15-linux_x86_64.bin
  • eman2
    bash ./eman2.91_sphire1.4_sparx.linux64.sh
  • imod
    bash ./imod_4.11.3_RHEL7-64_CUDA8.0.sh -dir /apps -script /apps
    *「/usr/bin/python」を求める. ない場合はpyhton3へのリンクとなるが、ここが留意点かな
  • pyenv/anaconda
    git clone https://github.com/yyuu/pyenv.git /apps/pyenv
    export PYENV_ROOT=/apps/pyenv
    export PATH=$PYENV_ROOT/bin:$PATH
    eval "$(pyenv init - --no-rehash)"
    pyenv install anaconda3-5.3.1
    pyenv global anaconda3-5.3.1
    export PATH=$PYENV_ROOT/versions/anaconda3-5.3.1/bin/:$PATH
    conda update conda

開発環境のインストール

root@e:~# apt install build-essential

sshの有効化

既定ではsshサーバは入っていない

apt update
apt install openssh-server
vi /etc/ssh/sshd_config
  PermitRootLogin yes
systemctl restart sshd

rootの有効化

sudo su - root
passwd

自動update禁止

vi /etc/apt/apt.conf.d/20auto-upgrades
  APT::Periodic::Update-Package-Lists "0";
  APT::Periodic::Unattended-Upgrade "0";

autofs

root@e:~# apt install autofs
root@e:~# echo "/- /etc/auto.home" >> /etc/auto.master
root@e:~# echo "/home c:/home" >> /etc/auto.home
root@e:~# systemctl restart autofs

ldapと連携

root@e:~# apt install libnss-ldapd libpam-ldapd ldap-utils nscd ldap-auth-config

パッケージのインストールと共に「nslcd」が起動する

LDAP server URI:ldap://192.168.0.81/
LDAP server search base:dc=sybyl,dc=local

この次に「libnss-ldapd」の設定が続く

Name services to configure:passwd,group,shadowを選択

引き続き「ldap-auth-config」の設定が行われる

LDAP server Uniform Resource Identifier:ldap://192.168.0.81/
Distinguished name of the search base:dc=sybyl,dc=local
LDAP version to use:3
Make local root Database admin:No
Does the LDAP database require login?No

これで完了.
pamの設定は「pam-auth-update」で修正可能. 「ldap-auth-config」の再定義は下記コマンドで修正します

root@e:~# dpkg-reconfigure ldap-auth-config

もしldapへの接続がanonymousでは駄目な場合は下記コマンドで修正します.

root@e:~# dpkg-reconfigure nslcd
LDAP server URI:ldap://192.168.0.81/
LDAP server search base:dc=sybyl,dc=local
LDAP authentication to use:simple
*規定はnoneみたい
LDAP database user:cn=Manager,dc=sybyl,dc=local
*だれでもいい
LDAP user password:[LDAP database user]のパスワード
Use StartTLS?No

この定義は「/etc/nslcd.conf」に反映される

root@ubuntu:/etc# grep -v -e '^\s*#' -e '^\s*$' /etc/nslcd.conf
uid nslcd
gid nslcd
uri ldap://192.168.0.81/
base dc=sybyl,dc=local
binddn cn=Manager,dc=sybyl,dc=local
bindpw xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
tls_cacertfile /etc/ssl/certs/ca-certificates.crt
root@ubuntu:/etc#

*生のパスワードが記載される..一応ファイルパーミッション的にはrootしか見れないけど
getent passwdでユーザは見えるがidコマンドではユーザが見えない...っで再起動したら見える...なんで?

ldapと連携(その2)

sssを使う場合

root@ubuntu:~# apt install sssd sssd-ldap
root@ubuntu:~# /etc/sssd/sssd.conf
[domain/default]
 
autofs_provider = ldap
cache_credentials = True
ldap_search_base = dc=sybyl,dc=local
id_provider = ldap
auth_provider = ldap
chpass_provider = ldap
ldap_uri = ldap://192.168.0.81/
ldap_id_use_start_tls = False
ldap_tls_cacertdir = /etc/openldap/cacerts
ldap_tls_reqcert = never
 
# ldapサーバがanonymousを拒否するなら代理を立てる. ここではadminを立てているが誰でもいい
#ldap_default_bind_dn = cn=admin,dc=sybyl,dc=local
#ldap_default_authtok = xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
 
[sssd]
services = nss, pam, autofs
 
domains = default
[nss]
homedir_substring = /home
 
[pam]
 
[sudo]
 
[autofs]
 
[ssh]
 
[pac]
 
[ifp]
 
[secrets]
 
[session_recording]
 
root@ubuntu:~# chmod 600 /etc/sssd/sssd.conf
root@ubuntu:~# systemctl restart sssd

nisとの連携

samba-adとの連携

Teamviewer

root@e:~# apt install ./teamviewer_15.16.8_amd64.deb
 :
root@e:~# ps -ef |grep team
root       33589       1  0 16:27 ?        00:00:00 /opt/teamviewer/tv_bin/teamviewerd -d
root       34141   33011  0 16:27 pts/1    00:00:00 grep --color=auto team
root@e:~#

environment-modules

root@e:~# apt install environment-modules
root@e:~# dpkg -L environment-modules
root@e:~# vi /usr/share/modules/init/.modulespath
 :
 :
/apps/modulefiles
 
root@e:~#

メモ

リポジトリ一覧

root@ubuntu:~# grep -v -e '^\s*#' -e '^\s*$' /etc/apt/sources.list
deb http://jp.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal main restricted
deb http://jp.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal-updates main restricted
deb http://jp.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal universe
deb http://jp.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal-updates universe
deb http://jp.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal multiverse
deb http://jp.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal-updates multiverse
deb http://jp.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal-backports main restricted universe multiverse
deb http://security.ubuntu.com/ubuntu focal-security main restricted
deb http://security.ubuntu.com/ubuntu focal-security universe
deb http://security.ubuntu.com/ubuntu focal-security multiverse
root@ubuntu:~#

初回ログイン時に出てくる案内をやめたい

root@ubuntu:~# apt remove gnome-initial-setup

sshログイン時のメッセージも辞めたい

root@ubuntu:~# chmod -x /etc/update-motd.d/*

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Last-modified: 2021-04-10 (土) 15:25:26 (110d)