ubuntu22.04のインストール.
ubuntu22.04に限ったお話ではないです
HDDのパーティションは、だいたい下記のようにしてる. efiは 512MB で十分かもしれない.
/bootは1GBとしている. kernelのアップデートとかあるとこの部分の減りが激しいので多めにしている. 2GBでもいい感じかな.
swapはテスト運用なら不要か1GB、本番運用では4GBかな. 搭載メモリーが128GB,256GBなら不要な気もするけど載せておく.
/[root]は残り全部. /varは分けてログが溢れるのに備えろとかあるけど、、HDD/SSD自体が大きいから気にしない. デフォでログローテーションするから.
/homeとかは別ストレージ、/appsはサイズ的に問題ないなら/[root]と同じ、別でもいいかも.
alphafoldするなら別のストレージを設置してそこにデータベースファイルを置くとかでしょうか.

2022y05m15d_070037006.png

ssh有効化

sudo apt update
sudo apt install openssh-server
sudo vi /etc/ssh/sshd_config
  PermitRootLogin yes
sudo systemctl restart sshd

root有効化

sudo su -
passwd
exit

ssh経由ログイン時に表示されるうざい表示を消す.

chmod -x /etc/update-motd.d/*

同時に新規ユーザ向けの案内も消す

apt remove gnome-initial-setup

自動更新を止める

2022y05m15d_005755109.png
さらに

root@ubuntu22:~# cat /etc/apt/apt.conf.d/20auto-upgrades
APT::Periodic::Update-Package-Lists "0";
APT::Periodic::Download-Upgradeable-Packages "0";
APT::Periodic::AutocleanInterval "0";
APT::Periodic::Unattended-Upgrade "0";
root@ubuntu22:~#

cuda-11.7

wget https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/repos/ubuntu2204/x86_64/cuda-ubuntu2204.pin
sudo mv cuda-ubuntu2204.pin /etc/apt/preferences.d/cuda-repository-pin-600
wget https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/11.7.0/local_installers/cuda-repo-ubuntu2204-11-7-local_11.7.0-515.43.04-1_amd64.deb
sudo dpkg -i cuda-repo-ubuntu2204-11-7-local_11.7.0-515.43.04-1_amd64.deb
sudo cp /var/cuda-repo-ubuntu2204-11-7-local/cuda-*-keyring.gpg /usr/share/keyrings/
sudo apt-get update
sudo apt-get -y install cuda

「nvidia-persistenced.service」と「nvidia-powerd.service」が登録されて、自動起動になっている.

cuda-10.2

wget https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/10.2/Prod/local_installers/cuda_10.2.89_440.33.01_linux.run
bash ./cuda_10.2.89_440.33.01_linux.run --override
(CUDA library のみインストール. シンボリックリンクも作らせない)

nfs

client

apt install nfs-common

cryo

  • relion
    apt install cmake git build-essential mpi-default-bin mpi-default-dev libfftw3-dev libtiff-dev libfltk1.3-dev libx11-dev libpng-dev python2 python-tk
    mkdir -p /apps/src && cd $_
    git clone https://github.com/3dem/relion && cd relion
    git checkout -b 3.1.2 refs/tags/3.1.2
    mkdir b && cd $_
    cmake -DCUDA_ARCH=35 -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/apps/relion-3.1.2 ..
    サードパーティー的に必要なもの evince、latexとdvipdf
    apt install \
           evince texlive-fonts-extra \
           texlive-fonts-recommended texlive-lang-cjk xdvik-ja
  • sidesplitter
    cd /apps
    git clone https://github.com/StructuralBiology-ICLMedicine/SIDESPLITTER
    cd SIDESPLITTER
    bash compile.sh
    chmod +x sidesplitter_wrapper.sh
  • chimera
    chmod +x chimera-1.16-linux_x86_64.bin
    ./chimera-1.16-linux_x86_64.bin
  • chimeraX
    「ucsf-chimerax-1.3ubuntu20.04_amd64.deb」はlibssl1.1がubuntu22.04でリリースされていないので無理.
    2022.05時点ではRelease Candidate Buildsの適用が必要
    dpkg -i chimerax-rc.deb
  • coot
    coot-0.9.8-binary-Linux-x86_64-ubuntu-20.04.4-python-gtk2.tar.gz
    はダメ. libssl1.1を求めていてubuntu22.04は提供していない
  • eman2
    bash ./eman2.91_sphire1.4_sparx.linux64.sh
  • PyMOL
    apt install python3-dev python3-distutils libglew-dev libglm-dev libfreetype-dev libxml2-dev libnetcdf-dev python3-pyqt5.qtopengl
     
    git clone https://github.com/schrodinger/pymol-open-source
    cd pymol-open-source/
    python3 setup.py build
    python3 setup.py install --prefix=/apps/PyMOL

ディスクトップで右クリックからターミナルを開くとDesktopに置かれるが、これを$HOMEにする

開いたターミナルの「Preferences」から初期なら「Unnamed」から「Command」タグの「Preserve working directory」を「Never」にする
これで右クリックでターミナルを開くと$HOMEに位置するようになる
2022y05m15d_100335860.png

それとついでにbellは消す. 挙動が怪しくなるのを防ぐ
2022y05m15d_214123857.png

/etc/profile.d/*.(sh|csh)が効かない

「/etc/profile.d/*.(sh|csh)」を作って即座に反映されるのはssh経由でのリモートアクセスのみ.
コンソール、ディスクトップログインで反映させるにはリブートが必要です


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Last-modified: 2022-05-15 (日) 21:50:56 (42d)