本家様http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/

可視化アプリ、MDのトラジェクトリーを動画表示します.

Interactive Molecular Dynamics Simulation(IMD) vmd/IMD

vmdページの左側に「Download VMD」と明記されたダウンロードページ(http://www.ks.uiuc.edu/Development/Download/download.cgi?PackageName=VMD)に行って、既にコンパイルされたバイナリを入手します。

ここでは別にcudaなマシンではないが、

LINUX_64 OpenGL, CUDA, OptiX, OSPRay
(Linux (RHEL 6.7 and later) 64-bit Intel/AMD x86_64 SSE, with CUDA 8.x, OptiX, OSPRay

のリンク先ファイルを入手した。
2018y02m11d_073434909.png
ユーザ登録とかありますが、必要事項を記載して入手します。
取得したファイルはvmd-1.9.3.bin.LINUXAMD64-CUDA8-OptiX4-OSPRay111p1.opengl.tar.gzでした。

[root@c ~]# cd /Appl/src/
[root@c src]# gzip -cd vmd-1.9.3.bin.LINUXAMD64-CUDA8-OptiX4-OSPRay111p1.opengl.tar.gz | tar xf -
[root@c src]# cd vmd-1.9.3
[root@c vmd-1.9.3]#
[root@c vmd-1.9.3]# vi configure
- $install_bin_dir="/usr/local/bin";
+ $install_bin_dir="/Appl/vmd-1.9.3/bin";
 
- $install_library_dir="/usr/local/lib/$install_name";
+ $install_library_dir="/Appl/vmd-1.9.3/lib";
 
[root@c vmd-1.9.3]# ./configure
using configure.options: LINUXAMD64 OPENGL OPENGLPBUFFER FLTK TK ACTC CUDA IMD LIBSBALL 
XINERAMA XINPUT LIBOPTIX LIBOSPRAY LIBTACHYON VRPN NETCDF COLVARS TCL PYTHON PTHREADS NUMPY SILENT ICC
 
[root@c vmd-1.9.3]#
[root@c vmd-1.9.3]# cd src/
[root@c src]# make install
Make sure /Appl/vmd-1.9.3/bin/vmd is in your path.
VMD installation complete.  Enjoy!
[root@c src]#

これでインストールは完了。
「/Appl/vmd-1.9.3/bin/vmd」をPATH環境変数に加えてvmdと実行すると下記のようなVMD main画面とVMD 1.9.3 OpenGL Displayが現れる
2018y02m11d_075936282.png
2018y02m11d_080116997.png

このツール。分子構造をスケッチする機能は含まれていないみたい。
別途初期座標を入手して水を加えるとか、計算設定を施して、NAMD向け入力ファイルを作る。
AutoIMDとかで計算途中を眺めることができる。
MDのトラジェクトリーを読み込んで、解析をすることができる。

なかなか面白そうである。

初期座標を構築

計算対象はなんでも構わないのだが、ここではPyMOLで簡単な初期座標を作った。
2016y07m19d_133701519.png
Ala(アラニン)を11個繋げた物です。これをpdbで保存して、vmdで開きます。

最新の60件
2024-04-19 2024-04-18 2024-04-17 2024-04-16 2024-04-15 2024-04-11 2024-04-06 2024-04-05 2024-03-30 2024-03-29 2024-03-19 2024-03-17 2024-03-15 2024-03-06 2024-03-05 2024-03-03 2024-02-23 2024-02-22 2024-02-21 2024-02-20 2024-02-19 2024-02-18 2024-02-17 2024-02-13 2024-02-12 2024-02-09 2024-02-04 2024-02-03 2024-01-31 2024-01-30 2024-01-29 2024-01-28 2024-01-22 2024-01-16 2024-01-13 2024-01-09 2024-01-08 2024-01-07 2024-01-03 2023-12-22 2023-12-17

edit


トップ   編集 差分 履歴 添付 複製 名前変更 リロード   新規 一覧 検索 最終更新   ヘルプ   最終更新のRSS
Last-modified: 2023-05-12 (金) 01:14:49