本家様http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/
可視化アプリ、MDのトラジェクトリーを動画表示します.
Interactive Molecular Dynamics Simulation(IMD) vmd/IMD
vmdページの左側に「Download VMD」と明記されたダウンロードページ(http://www.ks.uiuc.edu/Development/Download/download.cgi?PackageName=VMD)に行って、既にコンパイルされたバイナリを入手します。
ここでは別にcudaなマシンではないが、
LINUX_64 OpenGL, CUDA, OptiX, OSPRay
(Linux (RHEL 6.7 and later) 64-bit Intel/AMD x86_64 SSE, with CUDA 8.x, OptiX, OSPRay
のリンク先ファイルを入手した。
ユーザ登録とかありますが、必要事項を記載して入手します。
取得したファイルはvmd-1.9.3.bin.LINUXAMD64-CUDA8-OptiX4-OSPRay111p1.opengl.tar.gzでした。
[root@c ~]# cd /Appl/src/
[root@c src]# gzip -cd vmd-1.9.3.bin.LINUXAMD64-CUDA8-OptiX4-OSPRay111p1.opengl.tar.gz | tar xf -
[root@c src]# cd vmd-1.9.3
[root@c vmd-1.9.3]#
[root@c vmd-1.9.3]# vi configure
- $install_bin_dir="/usr/local/bin";
+ $install_bin_dir="/Appl/vmd-1.9.3/bin";
- $install_library_dir="/usr/local/lib/$install_name";
+ $install_library_dir="/Appl/vmd-1.9.3/lib";
[root@c vmd-1.9.3]# ./configure
using configure.options: LINUXAMD64 OPENGL OPENGLPBUFFER FLTK TK ACTC CUDA IMD LIBSBALL
XINERAMA XINPUT LIBOPTIX LIBOSPRAY LIBTACHYON VRPN NETCDF COLVARS TCL PYTHON PTHREADS NUMPY SILENT ICC
[root@c vmd-1.9.3]#
[root@c vmd-1.9.3]# cd src/
[root@c src]# make install
Make sure /Appl/vmd-1.9.3/bin/vmd is in your path.
VMD installation complete. Enjoy!
[root@c src]#
これでインストールは完了。
「/Appl/vmd-1.9.3/bin/vmd」をPATH環境変数に加えてvmdと実行すると下記のようなVMD main画面とVMD 1.9.3 OpenGL Displayが現れる
このツール。分子構造をスケッチする機能は含まれていないみたい。
別途初期座標を入手して水を加えるとか、計算設定を施して、NAMD向け入力ファイルを作る。
AutoIMDとかで計算途中を眺めることができる。
MDのトラジェクトリーを読み込んで、解析をすることができる。
なかなか面白そうである。
初期座標を構築 †
計算対象はなんでも構わないのだが、ここではPyMOLで簡単な初期座標を作った。
Ala(アラニン)を11個繋げた物です。これをpdbで保存して、vmdで開きます。
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