本家様 https://www.phenix-online.org/

MacOSX版
xray/Phenix/cryoFIT

ダウンロード

アプリケーションを入手するためにはユーザ登録が必要で、http://www.phenix-online.org/phenix_request/index.cgiからその登録を行う
登録が完了すると登録したメールアドレスにログインユーザ名とパスワードが送られる。

それを使って、ダウンロードページhttps://www.phenix-online.org/download/
Downloadリンクボタンを押下して認証を進めます。

ダウンロード可能なファイルはLinux, macOS, windows毎に用意されている。

  • 32-bit Linux (Intel/AMD)
    Kernel 2.6 (32-bit; CentOS 5) [ download command-line installer ]
  • 64-bit Linux (Intel/AMD)
    Kernel 2.6 (64-bit; CentOS 5) [ download command-line installer ]
    Kernel 2.6 (64-bit; CentOS 6) [ download command-line installer ]
  • Macintosh
    OS X 10.7+ (64-bit Intel) [ download point-and-click installer ]
    OS X 10.7+ (64-bit Intel) [ download command-line installer ]
  • Windows (partially supported)
    32-bit (Windows XP or newer) [download point-and-click installer (recommended)]
    64-bit (Windows 7 or newer) [download point-and-click installer (recommended)]
    64-bit (Windows 7 or newer) [download command-line installer]
    32-bit (Windows XP or newer) [download command-line installer]

ここでは「Kernel 2.6 (64-bit; CentOS 6)」を取得した

インストール

取得したファイルをまずは展開して、--prefixでインストール先を指定する

[root@c ~]# yum install xorg-x11-font-utils
[root@c ~]# cd /Appl/Linux/src
[root@c src]# tar xf ./phenix-installer-1.13-2998-intel-linux-2.6-x86_64-centos6.tar.gz
[root@c src]# cd phenix-installer-1.13-2998-intel-linux-2.6-x86_64-centos6
[root@c phenix-installer-1.13-2998-intel-linux-2.6-x86_64-centos6]#
[root@c phenix-installer-1.13-2998-intel-linux-2.6-x86_64-centos6]# ./install --help
 :
Usage: install [options]
Options:
  --prefix=<path>        Determines PHENIX installation path, which
                         will be <path > /phenix-[version]
 :
[root@c phenix-installer-1.13-2998-intel-linux-2.6-x86_64-centos6]# ./install --prefix=/Appl

これで/Applを起点に展開される

[root@c ~]# cd /Appl/phenix-1.13-2998
[root@c phenix-1.13-2998]# ls -l
total 168
drwxr-xr-x  9 root root   4096 Feb  8 11:08 base
drwxr-xr-x 47 root root   4096 Feb  8 11:08 build
-rw-r--r--  1 root root 107760 Feb  8 11:09 CHANGES
drwxr-xr-x  9 root root   4096 Feb  8 11:09 doc
-rw-r--r--  1 root root  10172 Feb  8 11:09 LICENSE
drwxr-xr-x 38 root root   4096 Feb  8 11:08 modules
-rw-r--r--  1 root root    119 Feb  8 11:08 phenix_env.csh
-rw-r--r--  1 root root    111 Feb  8 11:08 phenix_env.sh
-rw-r--r--  1 root root   9568 Feb  8 11:09 README
-rw-r--r--  1 root root   8876 Feb  8 11:09 SOURCES
[root@c phenix-1.13-2998]#

実行するには、各ユーザでbashユーザなら

source /Appl/phenix-1.13-2998/phenix_env.sh

csh/tcshユーザなら

source /Appl/phenix-1.13-2998/phenix_env.csh

を実行して環境整備後に使用します。

ただ、pythonのバージョンが変わってしまうので

bash:
alias phenix='(source /Appl/phenix/phenix_env.sh && /Appl/phenix/build/bin/phenix)'
 
csh:
alias phenix '(source /Appl/phenix/phenix_env.csh;/Appl/phenix/build/bin/phenix)'

とかの方がいいのかもしれない。

メモ

Phenixからcootボタンを押して起動させる場合、PATH環境変数にcootが必要みたい。
alias coot='/Appl/coot/bin/coot'
と横着したら起動できなくなった.....


トップ   編集 添付 複製 名前変更     ヘルプ   最終更新のRSS
Last-modified: 2018-05-09 (水) 22:05:27 (41d)