本家様 http://xds.mpimf-heidelberg.mpg.de/

半人前にも至らぬ愚生が知ったかぶりで書くようで非常に恐縮なのであるが、xdsについて書き連ねる。

回折データを指数付け(index)、積分(integrate)、スケーリング(scale)を行うソフト。各々何をしているのかは理解していない。
まあーそんなんだ、っのレベルである。いつかは理解したいものである....

XYCORR, INIT, COLSPOT, IDXREF, DEFPIX, XPLAN, INTEGRATE, CORRECT の8種の処理が実行可能

各処理には各種のパラメータが用意され、それを記述したファイルがxdsの実行には必須。そのファイル名は固定で XDS.INPである。xdsを実行した場所に結果が書き出される。

xdsのマニュアル
http://xds.mpimf-heidelberg.mpg.de/html_doc/xds_parameters.html

各検出器によって使われるテンプレート一覧
http://xds.mpimf-heidelberg.mpg.de/html_doc/xds_prepare.html

https://code.google.com/p/xdsme/

.XDS

[root@c ~]# mkdir /Appl/xds/
[root@c xds]# curl -O ftp://ftp.mpimf-heidelberg.mpg.de/pub/kabsch/XDS-INTEL64_Linux_x86_64.tar.gz
[root@c xds]# gzip -cd XDS-INTEL64_Linux_x86_64.tar.gz
[root@c xds]# ln -s XDS-INTEL64_Linux_x86_64 bin

.XDS-Viewer

本家様 https://strucbio.biologie.uni-konstanz.de/xdswiki/index.php/XDS-Viewer

[root@c ~]# cd /Appl/src/
[root@c src]#
[root@c src]# wget http://downloads.sourceforge.net/xds-viewer/xds-viewer-0.6.tar.gz
[root@c src]# gzip -cd xds-viewer-0.6.tar.gz | tar xf -
[root@c src]# cd xds-viewer-0.6/
[root@c xds-viewer-0.6]# yum install cmake qt-devel
[root@c xds-viewer-0.6]# sh ./compile.sh
 
[root@c xds-viewer-0.6]# mkdir /Appl/xds && cp build/bin/xds-viewer /Appl/xds/

Generate_XDS.INP

https://strucbio.biologie.uni-konstanz.de/xdswiki/index.php/Generate_XDS.INPの「The script」欄をコピペでもいいが、
サイトにも記載されている下記コマンドで取ってくるのがいいのかも。

[root@c ~]# cd /Appl/xds
 
[root@c xds]# wget http://strucbio.biologie.uni-konstanz.de/xdswiki/index.php/generate_XDS.INP -O - | \
   sed -e s/\&nbsp\;/\ /g -e s/\&gt\;/\>/g -e s/\&lt\;/\</g -e s/amp\;//g -e s/\&quot\;/\"/g -e s/\&\#\1\6\0\;/\ /g | \
   sed '/# end of generate_XDS.INP/,$d' | awk '/^#/,/rm -f tmp1 tmp2/' > generate_XDS.INP
chmod +x generate_XDS.INP
 
[root@c xds]# ls -l generate_XDS.INP
-rwxr-xr-x 1 root root 50597  5月 20 15:24 generate_XDS.INP
[root@c xds]#

.Xdsstat

[root@c ~]# cd /Appl/xds
[root@c xds]# curl -O ftp://turn5.biologie.uni-konstanz.de/pub/xdsstat-linux64.bz2
[root@c xds]# bzip2 -d xdsstat-linux64.bz2
[root@c xds]# chmod  +x xdsstat-linux64
[root@c xds]# ( cd ./bin; ln -s ../xdsstat-linux64 xdsstat )

.XDSCC12

[root@c ~]# cd /Appl/xds
[root@c xds]# curl -O ftp://turn5.biologie.uni-konstanz.de/pub/xdscc12.rhel6.64
[root@c xds]# chmod +x xdscc12.rhel6.64
[root@c xds]# ( cd ./bin ; ln -s ../xdscc12.rhel6.64 xdscc12 )

.XDSGUI

[root@c ~]# cd /Appl/xds
[root@c xds]# curl  -O ftp://turn5.biologie.uni-konstanz.de/pub/xdsgui.rhel6.64
[root@c xds]# chmod +x xdsgui.rhel6.64
[root@c xds]# ( cd bin ; ln -s ../xdsgui.rhel6.64 xdsgui )

.XDSME: .XDS Made Easier

git: https://github.com/legrandp/xdsme/

最新版をhttps://github.com/legrandp/xdsme/releases/latestから入手する。

[root@c ~]# cd /Appl/xds
[root@c xds]# gzip -cd xdsme_v0.6.2.tar.gz | tar xf -
[root@c xds]# chown -R root:root ./xdsme_v0.6.2
 
[root@c xds]# ( cd ./bin ; ln -vs ../xdsme_v0.6.2/bin/noarch/* . )

dectris-neggia

登録して入手「/Appl/xds/lib64」に配置

あるいはgitでソースコードを入手してコンパイル

[root@c ~]# cd /Appl/src/
[root@c src]# git clone https://github.com/dectris/neggia
[root@c src]# cd neggia/
[root@c neggia]# mkdir build && cd $_
[root@c build]# cmake3 .. && make
 
[root@c build]# cp src/dectris/neggia/plugin/dectris-neggia.so /Appl/xds/lib64/

XDS.INPファイルの「LIB」と「DETECTOR」パラメータを下記のようにする

DETECTOR=EIGER
LIB=/Appl/xds/lib64/dectris-neggia-centos6.so     # gitでコンパイルなら「dectris-neggia.so」とする

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Last-modified: 2018-05-20 (日) 16:38:25 (30d)