xray/XDS

本家様 http://xds.mpimf-heidelberg.mpg.de/

半人前にも至らぬ愚生が知ったかぶりで書くようで非常に恐縮なのであるが、xdsについて書き連ねる。

回折データを指数付け(index)、積分(integrate)、スケーリング(scale)を行うソフト。各々何をしているのかは理解していない。
まあーそんなんだ、っのレベルである。いつかは理解したいものである....

XYCORR, INIT, COLSPOT, IDXREF, DEFPIX, XPLAN, INTEGRATE, CORRECT の８種の処理が実行可能

各処理には各種のパラメータが用意され、それを記述したファイルがxdsの実行には必須。そのファイル名は固定で XDS.INPである。xdsを実行した場所に結果が書き出される。

xdsのマニュアル
http://xds.mpimf-heidelberg.mpg.de/html_doc/xds_parameters.html

各検出器によって使われるテンプレート一覧
http://xds.mpimf-heidelberg.mpg.de/html_doc/xds_prepare.html

https://code.google.com/p/xdsme/

xds †

インストール先を /Appl/xds にします。
関連アプリもすべてここに入れたいと思う。

[root@c ~]# cd /Appl/src
[root@c src]# curl -O ftp://ftp.mpimf-heidelberg.mpg.de/pub/kabsch/XDS-INTEL64_Linux_x86_64.tar.gz
[root@c src]# tar xzf XDS-INTEL64_Linux_x86_64.tar.gz -C /Appl   <-- /Appl で展開 
 
[root@c src]# mv /Appl/XDS-INTEL64_Linux_x86_64    /Appl/xds
 
[root@c src]# cd /Appl/xds
[root@c xds]# ls -l
合計 24084
-rwxr-xr-x 1 10206 3010 1118910  8月 10  2018 2cbf
 :
-rwxr-xr-x 1 10206 3010 3191255  8月 10  2018 xds
-rwxr-xr-x 1 10206 3010 4154145  8月 10  2018 xds_par
 :
[root@c xds]#

↑

xds-Viewer †

本家様 https://strucbio.biologie.uni-konstanz.de/xdswiki/index.php/XDS-Viewer
cmakeとQt4のライブラリが必要

[root@c ~]# yum install cmake qt-devel
 
[root@c ~]# cd /Appl/src/
[root@c src]#
[root@c src]# gzip -cd xds-viewer-0.6.tar.gz | tar xf - && cd xds-viewer-0.6
[root@c xds-viewer-0.6]# sh ./compile.sh
 
[root@c xds-viewer-0.6]# cp build/bin/xds-viewer   /Appl/xds/

↑

Generate_XDS.INP †

https://strucbio.biologie.uni-konstanz.de/xdswiki/index.php/Generate_XDS.INPの「The script」欄をコピペでもいいが、
サイトにも記載されている下記コマンドで取ってくるのがいいのかも。

[root@c ~]# cd /Appl/xds
 
[root@c xds]# wget http://strucbio.biologie.uni-konstanz.de/xdswiki/index.php/generate_XDS.INP -O - | \
   sed -e s/\&nbsp\;/\ /g -e s/\&gt\;/\>/g -e s/\&lt\;/\</g -e s/amp\;//g -e s/\&quot\;/\"/g -e s/\&\#\1\6\0\;/\ /g | \
   sed '/# end of generate_XDS.INP/,$d' | awk '/^#/,/rm -f tmp1 tmp2/' > generate_XDS.INP
chmod +x generate_XDS.INP
 
[root@c xds]# ls -l generate_XDS.INP
-rwxr-xr-x 1 root root 50597  5月 20 15:24 generate_XDS.INP
[root@c xds]#

↑

xdsstat †

[root@c ~]# cd /Appl/xds
[root@c xds]# curl -O ftp://turn5.biologie.uni-konstanz.de/pub/xdsstat-linux64.bz2
[root@c xds]# bzip2 -d xdsstat-linux64.bz2
[root@c xds]# chmod  +x xdsstat-linux64
[root@c xds]# ln -s xdsstat-linux64   xdsstat

↑

xdsgui †

[root@c ~]# cd /Appl/xds
[root@c xds]# curl  -O ftp://turn5.biologie.uni-konstanz.de/pub/xdsgui.rhel6.64
[root@c xds]# chmod +x xdsgui.rhel6.64
[root@c xds]# ln -s xdsgui.rhel6.64   xdsgui

↑

xdsme †

/Appl/xdsの中に xdsme フォルダを作ってます。

git: https://github.com/legrandp/xdsme/

[root@c ~]# cd /Appl/xds
[root@c xds]# git clone https://github.com/legrandp/xdsme/ && cd xdsme/
[root@c xdsme]# ./compile.sh

↑

bitshuffle plugin †

*「easy_install」コマンドはpython-setuptoolsに含まれてます

[root@c ~]# cd /Appl/src/
[root@c src]# easy_install cython
[root@c src]# easy_install h5py
[root@c src]# git clone https://github.com/kiyo-masui/bitshuffle.git
 
[root@c src]# cd bitshuffle/bitshuffle/
[root@c bitshuffle]# cython ext.pyx
[root@c bitshuffle]# cython h5.pyx
[root@c bitshuffle]# cd ..
[root@c bitshuffle]# python setup.py install --h5plugin --h5plugin-dir=/Appl/xds/lib/
 
[root@c bitshuffle]# ls -l /Appl/xds/lib/
合計 560
-rwxr-xr-x 1 root root  35768  3月 13 01:55 libh5LZF.so
-rwxr-xr-x 1 root root 533584  3月 13 01:55 libh5bshuf.so
[root@c bitshuffle]#

↑

HDF5形式のファイルをXDSで扱う †

参照先https://github.com/keitaroyam/yamtbx/blob/master/doc/eiger-ja.md

まずはHDF5のアプリをインストール

[root@c ~]# yum install hdf5

次にhdf5形式のファイルをxdsでも取り扱えるようにするDectris社様提供のH5ToXdsがある。
だが、参照先に記載のあるようにこれは使わず、代わりに互換アプリeiger2cbfを使う

取得先: https://www.mrc-lmb.cam.ac.uk/harry/imosflm/ver721/downloads.html
 
[root@c src]# unzip -l eiger2cbf-linux.zip
Archive:  eiger2cbf-linux.zip
  Length      Date    Time    Name
---------  ---------- -----   ----
  3742075  05-17-2016 17:05   eiger2cbf
      481  05-17-2016 17:04   Makefile
      500  03-09-2016 20:51   Makefile.osx
     4662  05-17-2016 17:43   README
---------                     -------
  3747718                     4 files
[root@c src]#
[root@c src]# unzip eiger2cbf-linux.zip -d /tmp
Archive:  eiger2cbf-linux.zip
  inflating: /tmp/eiger2cbf
  inflating: /tmp/Makefile
  inflating: /tmp/Makefile.osx
  inflating: /tmp/README
 
[root@c src]# cp /tmp/eiger2cbf /Appl/xds/

H5ToXdsのラッパーを作る。中身はこんな感じで

[root@c ~]# cat /Appl/xds/H5ToXds
#!/bin/sh
/Appl/xds/eiger2cbf   $@    2>/dev/null
 
[root@c ~]#
[root@c ~]# chmod +x /Appl/xds/H5ToXds

↑

HDF5形式のファイルをXDSで扱う（neggia plugin） †

XDS plugin. xdsがH5ToXdsを経由せずhdf5にアクセスできるようになる.
Dectris社様で提供しているバイナリを使用するか、自らコンパイルしてバイナリを作る。

ここではバイナリを作ってみます。このソースの提供はDectris社様自身のようです

[root@c ~]# yum install cmake3
 
[root@c ~]# cd /Appl/src/
[root@c src]# git clone https://github.com/dectris/neggia
[root@c src]# cd neggia/
[root@c neggia]# mkdir build && cd $_
[root@c build]# cmake3 .. && make
 
[root@c build]# cp src/dectris/neggia/plugin/dectris-neggia.so /Appl/xds/
 
[root@c build]# (cd /usr/local/lib64; ln -s /Appl/xds/dectris-neggia.so . )

XDS.INPファイルの「LIB」と「DETECTOR」パラメータを下記のようにする

DETECTOR=EIGER
LIB=/usr/local/lib64/dectris-neggia.so     # gitでコンパイルなら「dectris-neggia.so」とする

↑

memo EnvironmentModules †

EnvironmentModulesに組み込むには

[root@c ~]# vi /home/Common/modules/xds
#%Module1.0
 
prepend-path PATH /Appl/xds:/Appl/xds/xdsme/bin/noarch
setenv       HDF5_PLUGIN_PATH /Appl/xds/lib/

↑

Adxv †

https://www.scripps.edu/tainer/arvai/adxv.html

[root@c ~]# cd /Appl/xds
[root@c xds]# curl -O https://www.scripps.edu/tainer/arvai/adxv/adxv_1.9.13/adxv.x86_64CentOS6_gl
[root@c xds]# chmod +x adxv.x86_64CentOS6_gl
[root@c xds]# ln -s adxv.x86_64CentOS6_gl adxv