■autoSHARP
当時、これほどまでにwebとクライアントアプリケーションが融合するものなのかと驚いた品。
ぁ、機能面は良く存じません。っが、組立に結構配慮が必要だった記憶している。

■必要な物
ソフトウエア: ccp4, SHELXC/D, ARP/wARP, USF/MAPMAN, java

■重大事項
各自のデータはSHARP/autoSHARPを動かすユーザ(sharp)から閲覧可能である必要があります。

  • /home/foo は 0750
  • SHARP稼働ユーザはfooのグループに所属している
    $ grep sharp /etc/group
    sharp:x:500:foo
  • SHARP稼働ユーザと利用者が同じグループであれば幸せかも...

■インストール
/opt/sharpを起点にします。sharpユーザを作成して、そのユーザがwebデーモンを動かすようにします。

# useradd -d /opt/sharp -c "autoSHARP daemon" -m -s /bin/bash sharp
# su - sharp

$ source /Appl/Linux/ccp4-6.3.0/bin/ccp4.setup-sh    *これでccp4とarp/warpが定義される
$ export PATH=/Appl/Linux/shelx:/Appl/Linux/bin:$PATH      *SHELXCとSHELXD及びMAPMAN

このsourceとexportは、sharpの.bashrcにも記載しておくべきかも。そして仮置き場所に置いたsharpプログラムとメールで送られてきたライセンスファイル(.licence)を持ってきて展開

$ cp /tmp/GPhL_SHARP_install.sh /tmp/GPhL_SHARP.linux.tar /tmp/.licence .
$ sh GPhL_SHARP_install.sh -i                        *質問に答えながら逐次進める

(質問箇所)
 (中略)
 3. Installcation of SHARP
  Continue [y]/n?
 (中略)
 NOTE : You are going to install SHARP/autoSHARP & SUSHI in the current directory &color(blue){/opt/sharp}.;
 This will be refered to as the $BDG_HOME directory.
 Proceed ? [y]es/[n]o > y
 SHARP site administrator e-mail:
 [no default] > foo@xxxxxx.ac.jp
 (中略)
 Absolute path to the compressed SUSHI file(s) ([s]kip) :
 [/opt/sharp/sushi.tar.gz] > <そのままリターン>
 (中略)
 Install SHARP binaries now ? [y]es/[n]o/[e]xit/[s]kip > y
 Machine architecture ( linux ) :
 [linux] > <そのままリターン>
 Absolute path to the compressed SHARP file(s) ([s]kip) :
 [/opt/sharp/sharp.linux.tar.gz] > <そのままリターン>
 (中略)
 Do you want to install the tutorials now ? [y]es/[n]o/[e]xit/[s]kip > y
 Absolute path to the compressed tutorials file(s) ([s]kip) :
 [/opt/sharp/sharp_tutorials.tar.gz] > <そのままリターン>
 (中略)
 NOTE : Do you want to install helpers applications for os
 linux ? [y]es/[n]o > y
 Absolute path to the compressed client helpers file(s) ([s]kip) :
 [/opt/sharp/helpers_client.linux.tar.gz] > <そのままリターン>
 (中略)
 NOTE : The only mandatory helper on the server side is the Apache http daemon.
 Do you want to install them ? [y]es/[n]o/[e]xit/[s]kip > y
 Absolute path to the compressed server helpers file(s) ([s]kip) :
 [/opt/sharp/helpers_server.linux.tar.gz] > <そのままリターン>
 (中略)
 Copy configuration from previous SHARP/autoSHARP installation ? [y]es/[n]o > n
 (中略)
 NOTE : The SHARP/SUSHI server will be set to the machine w2 *w2はマシン名です
 Continue ? [y]es/[n]o/[e]xit/[s]kip > y
 (中略)
 1. Location of temporary files (min 64 MB free) (absolute directory path) :
 [/tmp] > <そのままリターン>
 2. Perl 5 location :
 [/usr/bin/perl] > <そのままリターン>
 3. Mailer program location (usually sendmail) :
 [/usr/sbin/sendmail] > <そのままリターン> *リンク先/etc/alternatives/mtaによりpostfixへ
 4. list of directories for LD_LIBRARY_PATH/DYLD_LIBRARY_PATH variable :
 [/Appl/Linux/ccp4-6.3.0/lib] > <そのままリターン>
 (中略) CCP4編
 NOTE : You can re-configure CCP4 by running "ccp4-setup"
 Continue [y]es/[n]o/[e]xit/[s]kip > y
 (中略)
 1. root directory of CCP4 installation (absolute directory path) :
 [/Appl/Linux/ccp4-6.3.0] > <そのままリターン>
 2. scratch directory for CCP4 programs (absolute directory path) :
 [/tmp/sharp] > <そのままリターン>
 3. CCP4 directory with X11 subdirectory and font data (absolute directory path) :
 [/Appl/Linux/ccp4-6.3.0/lib] > <そのままリターン>
 4. CCP4 directory with 'environ.def' and 'default.def' (absolute directory path) :
 [/Appl/Linux/ccp4-6.3.0/include] > <そのままリターン>
 5. CCP4 directory with 'symop.lib' and 'atomsf.lib' (and maybe syminfo.lib) (absolute directory path) :
 [/Appl/Linux/ccp4-6.3.0/lib/data] > <そのままリターン>
 6. CCP4 directory with executables (absolute directory path) :
 [/Appl/Linux/ccp4-6.3.0/bin] > <そのままリターン>
 7. location of 'font84.dat' file (absolute path including filename) :
 [/Appl/Linux/ccp4-6.3.0/lib/data/ccp4/font84.dat] > <そのままリターン>
 8. scratch directory for CCp4 'binsort' program (absolute directory path) :
 [/tmp/sharp] > <そのままリターン>
 9. location of the mmcif directory file (absolute path including filename) :
 [/Appl/Linux/ccp4-6.3.0/share/ccif/cif_mmdic.lib] > <そのままリターン>
 10. CCP4 directory containing shared libraries (absolute path) :
 [/Appl/Linux/ccp4-6.3.0/lib] > <そのままリターン>
 (中略) SHELX編
 NOTE : You can re-configure SHELX by running "shelx-setup".
 Continue [y]es/[n]o/[e]xit/[s]kip > y
 1. Path to SHELX binaries (absolute directory path) :
 [/Appl/Linux/shelx] > <そのままリターン>
 (中略) mapman編
 NOTE : You can re-configure mapman by running "mapman-setup".
 Continue [y]es/[n]o/[e]xit/[s]kip > y
 1. Path to mapman (absolute path including executable) :
 [/Appl/Linux/bin/mapman] > <そのままリターン>
 (中略) httpd編
 NOTE : You can re-configure the Apache httpd by running "httpd-setup".
 Continue [y]es/[n]o/[e]xit/[s]kip > y
 1. Location of the http daemon (incl. program name) :
 [/opt/sharp/helpers/linux/httpd] > <そのままリターン>
 2. Communication port for server :
 [8080] > <そのままリターン>
 (中略)
 Do you want to start the httpd now ? [y]es/[n]o > y
 ここでエラーが返ってきます。恐らく付属のhttpdがこのマシンと合ってないため。後程re-build
 NOTE : unable to start httpd on this port - try next one
 Continue [y]es/[n]o/[e]xit/[s]kip > n
  ... Skipping ....
 NOTE : The http deamon is now installed and configured.
 Do you want to start the httpd now ? [y]es/[n]o > n
 Continue [y]es/[n]o/[e]xit/[s]kip > s
 (中略)helper application編
 Continue [y]es/[n]o/[e]xit/[s]kip > y

これでひとまずインストールは完了。

apache

しかし、apacheが正しく機能してくれなかった。一応これにはapache_1.3.41のソースコードが含まれているので、これを
コンパイルして使えるようにする。

$ cd /opt/sharp/helpers/linux
$ mv apache_1.3.41 apache_1.3.41.orig               *付属品を移動
$ gzip -cd apache_1.3.41.tar.gz | tar xf -          *展開
$ cd ./apache_1.3.41
$ ./configure --prefix=/opt/sharp/apache --with-layout=Apache
$ sed -i 's/getline/apache_getline/' src/support/htdigest.c        *エラー対応
$ sed -i 's/getline/apache_getline/' src/support/htpasswd.c
$ sed -i 's/getline/apache_getline/' src/support/logresolve.c
$ make
$ make install

この後、httpd-setupコマンドで再調整します。

$ source /opt/sharp/setup.sh
$ httpd-setup sharp w2
(中略)
1. Location of the http daemon (incl. program name) :
[/opt/sharp/helpers/linux/httpd] > /opt/sharp/apache/bin/httpd

として各種confファイルと、.sharpaccessファイルも更新します。

SHARP/autoSHARPの起動は
$ /opt/sharp/adm/bin/restart_server
 (実態:/opt/sharp/apache/bin/httpd -Dsushi -f /opt/sharp/sushi/conf/httpd-1.3.conf)
停止は
$ /opt/sharp/adm/bin/kill_server
として行います。

新規ユーザ作成

基本このSHARP/autoSHARPはwebブラウザで操作する際、ユーザ認証が必要です。マシン上で認識できるアカウントであれば問題なく

$ source /opt/sharp/setup.sh
$ newuser sharp foo /home/foo foo@xxxxx.ac.jp  *newuser sharp [ユーザアカウント] [ホームディレクトリ] [メールアドレス]の順
  ### adding user to SHARP ...
  Adding password for foo
  New password:   <ここにパスワードを入力>
  Re-type new password:   <再度パスワードを入力>
  NOTE : Email sent to foo -
         and also saved in $BDG_home/users/soft/email.newuser-sharp!
  ---- normal termination ----

*注意:メールアドレスの@移行が他のマシンならメールサーバ設定が必須

newmachine

/opt/sharp/machinesにホスト名のフォルダがあり、そこで各種の関連プログラムパス情報を持つ。
しかし、このフォルダがない場合、もしくは追加したいマシンがあるのなら、これを使って
新規にマシン登録を行う必要がある。
$ newmachine sharp w2

その他のコマンド

source /opt/sharp/setup.sh
のあと、
・newmachine : SHARPプログラムの調整に使う
・newuser : webを経由してログインするためのユーザを作成
あと
・bdg-help はこのSAHRPサーバのサマリーが表示される
らのコマンドが使える

ccp4iとの連携

webを経由することなくccp4iでautoSHARPを実行するにはユーザに /opt/sharp/setup.sh{csh}を読ませる必要がある。
このシェルスクリプトは基本
 BDG_HOME環境変数の定義

 PATH環境変数へ${BDG_HOME}/adm/binの組み込み
です。これを施すとccp4iでプログラムautoSHARPが有効になります。
2012y09m06d_233412731.png
ただし、というか当然ながらautoSHARPの実行はライセンスされたマシンでのみ有効かと思われ。


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Last-modified: 2012-09-07 (金) 09:52:31 (2722d)