2012/07/14にccp4-6.3.0がリリースされた模様
っで中身

  • ARP/wARP integrated download and installation for ARP license holders
  • refmac5.7 improved jelly body refinement refinement and use of restraint information
  • phaser 2.5.1 for MR and EP, better handling of tNCS
  • aimless for scaling and merging
  • prosmart for alignment of protein changes and refmac external restraints
  • nautilus for automatic building of RNA/DNA

既存環境との併存をどうすればいいかを模索しながらインストール予定

旧バージョンccp4-6.0.0

ccp4-6.2.0

本家

windowsでccp4

殆どのものがポーティングされて使えるような。っが、arp/warpのバイナリ―がlinuxのみなので
ccp4を経由してのarp/warpはまだできないみたい。その辺はlinuxへってかんじ。
ただ、そうなるとwindowsでの実行結果とlinuxでの実行結果を互いに参照できる必要が生じるかと。
幸い、windows版ccp4はネット―ワークドライブに対応できているので
 samba経由のホームディレクトリーをZドライブにしてwindowsとlinuxの共有を図る。
はありなのかも。っが、絶対パスがPROJECTにどう反映されるのか調査は必須かな。

Linuxでccp4

CCP4 on Redhat EL 5 (x86)としてダウンロード:

CCP4 Program Suite v6.2.0 (Executables)	1170.5 MB
Phaser v2.3.0 and CCTBX (Executables)	336.4 MB
Database for Balbes (Data Files)	2000.0 MB
CCP4 Molecular Graphics v2.5.0 (Executables)	552.0 MB
COOT v0.6.2 (Executables)	304.0 MB
TclTk v8.4.14 + blt-itcl-itk-tkimg-tdom-treectrl (Executables)	20.7 MB
Python scripting language v2.6.5 (Executables)	70.1 MB
Clustalw v2.0.9 (Executables)	10.5 MB
Fasta v35.4.1 (Executables)	13.9 MB
Graphviz v2.20.2 (Executables)	11.6 MB
Total estimated unpacked size : 	4489.9 MB
Estimated size of compressed download file : 	1634.5 MB

CCP4-Lin-RHEL5-full-v6.2.0.tarと名前を代えて保存。
mkdir -p /x/ccp4-6.2.0
cd /x/ccp4-6.2.0
tar xvf CCP4-Lin-RHEL5-full-v6.2.0.tar
./install
でいいみたい....なのかな?
●本家から公開されているパッチ/updateを上書き
ここを参照:http://www.ccp4.ac.uk/problems.php
1.high symmetry point groups ISYM scrambling
  wget ftp://ftp.ccp4.ac.uk/ccp4/6.2.0/updates/linux/ccp4-6.2.0/bin/pointless
  cp ./pointless $CCP4/bin/
2.Molrep: input fixed model mode failure
  wget ftp://ftp.ccp4.ac.uk/ccp4/6.2.0/updates/linux/ccp4-6.2.0/bin/molrep
  cp ./molrep $CCP4/bin/
3.crank fails when peaks are found in difference map
  wget ftp://ftp.ccp4.ac.uk/ccp4/6.2.0/updates/crank_bp3.tcl
  cp ./crank_bp3.tcl $CCP4/ccp4i/crank/plugins/bp3/crank_bp3.tcl
4.Packing criteria incorrectly set for Phaser MR
  wget ftp://ftp.ccp4.ac.uk/ccp4/6.2.0/updates/phaser_MR.tcl
  cp ./phaser_MR.tcl $CCP4/ccp4i/tasks/phaser_MR.tcl
5.Launching of coot on refmac5 output does not include dictionary files(update 2011/12/02)
  wget ftp://ftp.ccp4.ac.uk/ccp4/6.2.0/updates/database.tcl
  cp ./database.tcl $CCP4/ccp4i/src/database.tcl
  wget ftp://ftp.ccp4.ac.uk/ccp4/6.2.0/updates/plugins.tcl
  cp ./plugins.tcl $CCP4/ccp4i/src/plugins.tcl
6.Edit Restraints in PDB File task produces wrongly formatted LINK records(update 2011/12/02)
  wget ftp://ftp.ccp4.ac.uk/ccp4/6.2.0/updates/pdb_utils.tcl
  cp ./pdb_utils.tcl $CCP4/ccp4i/utils/pdb_utils.tcl

■試運転--root/インストールユーザで実行します。
実行用の環境整備に下記を食わせます
source /x/ccp4-6.2.0/setup-script/sh/ccp4.setup
source /x/ccp4-6.2.0/setup-script/sh/ccp4-others.setup
ccp4i
root/インストールユーザで初回起動しないとだめみたい。
バイナリ―版は32bit環境で構築れているので、OSが64bitだと追加のパッケージが必要
yum install glibc.i686
yum install libX11.i686
yum install zlib.i686 arp_warpのインストールに必要みたい

■ARP/wARP v7.1
(java環境があるのがいいみたい。あと、libcurl.so.4も。libcurl.so.3ならcentos5にあるが、.4はない)
root/インストールユーザのままで、
source /x/ccp4-6.2.0/setup-script/sh/ccp4.setup
source /x/ccp4-6.2.0/setup-script/sh/ccp4-others.setup
cd $CCP4/..
tar zxvf arp_warp_7.1.tar.gz
cd arp_warp_7.1
./install.sh
 ■ARP/wARP v7.1(ccp4iのインターフェースインストール)
 System Administration -> Install/Uninstall Tasks
 [automatic]と[main CCP4i]を選択
 Install Package InformationのTask archiveに/x/ccp4-6.2.0/arp_warp_7.1/ARP_wARP_CCP4I6.tar.gzを指定
 source /x/ccp4-6.2.0/arp_warp_7.1/arpwarp_setup.bash (cshなら.csh)

 ■7.1.1のパッチ適用
 cd patch_7.1.1
 cp arp_solvent.script $CCP4I_TOP/scripts/.
 cp arp_solvent.tcl $CCP4I_TOP/tasks/.
 cp warp_solvent.sh $warpbin/../../share/.
 cp warp_refmac_restraints.sh $warpbin/../../share/.
 cp warp_tracing.sh $warpbin/../../share/.
 cd $CCP4I_TOP/tasks
 chmod +x *.def *.tcl

■■備考
yum install libtool-ltdl (graphviz[グラフ描画]を動かすため)

■BALBES
ccp4-6.2.0のBALBESは0.0.1(20080730)。最新は1.1.5(updated on Jul 14, 2011)なので切り替え可能かも
source ccp4.setup
source ccp4-others.setup
cd $CCP4/share/balbes
bzip2 -cd BALBES_1.1.4_Linux.tar.bz2 | tar xf -
mv BALBES BALBES_1.1.4
cp $CCP4/share/BALBES_1.1.4/Package/bin_py/balbes $CBIN/
ccp4.setupの修正
cd $CCP4/share/balbes/BALBES_1.1.4
./setup.py

■xia2
バージョンは0.3.3.1

■起動のためのtcsh

if !( $?ccp4_ver ) then
 set ccp4_ver=6.0.2
endif
switch ($ccp4_ver)
   case 6.0.2:
      source /opt/x/ccp4-6.0.2/ccp4.setup
      breaksw
   case 6.2.0:
      source /opt/x/ccp4-6.0.2/ccp4.setup
      source /opt/x/ccp4-6.0.2/ccp4-others.setup
   default;
      source /opt/x/ccp4-6.0.2/ccp4.setup
endsw
unset ccp4_ver

■cctbxのインストール
cd /usr/local
mkdir cctbx-2011_09_03_0448
ln -s cctbx-2011_09_03_0448 cctbx
cd /usr/local/cctbx
wget http://cci.lbl.gov/cctbx_build/results/2011_09_03_0448/cctbx_centos52_py272_inc.selfx
perl cctbx_centos52_py272_inc.selfx

■phaserのopenMP対応
phaserそのものは1coreしか使わない。OpenMPを導入することで、入力ファイルで
実行に使うcoreを指定することができる。
基本ccp4はなくてもOpenMP対応Phaserは作れるが、sconsコマンドが必須。makeののようなもの。
sconsはcentos5.xには入っていないみたい。http://pkgs.org/で検索してインストールします。
wget http://download.fedora.redhat.com/pub/epel/5/i386/scons-1.2.0-3.el5.noarch.rpm
rpm -Uvh scons-1.2.0-3.el5.noarch.rpm
*CentOS6ではyum install sconsでインストール可能
次にphaser本体を入手して、展開します。
cd /usr/local/src
wget ftp://ftp.ccp4.ac.uk/ccp4/6.2.0/ccp4-6.2.0-phaser-cctbx-src.tar.gz
gzip -cd ccp4-6.2.0-phaser-cctbx-src.tar.gz | tar xf -
コンパイルは、展開した場所と違う場所で行います。

mkdir -p /usr/local/src/phaser-build
cd /usr/local/src/phaser-build
python /usr/local/src/ccp4-6.2.0/lib/cctbx/cctbx_sources/cctbx_project/libtbx/configure.py \
--repository=/usr/local/src/ccp4-6.2.0/src/phaser/source phaser \
--build-boost-python-extensions=False \
--enable-openmp-if-possible=True
. ./setpaths.sh
libtbx.scons

phaserの最新ソースが公開されたら、その部分だけ--repository=...を変更します。
▲OpenMPでこける場合
export MALLOC_CHECK_=2
を入れるみたい。
並列度は phaser の引数として jobs n で決まるみたい

■gccのバージョンによる処理速度
テストにはphaser-mr-tutorialのAUTO_beta.comを採用。どんな計算をしているのか?だが。
結果はこうなる。計算の系が大きければかなり有効なのだろう。

GCC 4.6.2(centos5.7 32bit)GCC 4.1.2(centos5.7 32bit)GCC 4.6.2(centos6.0 64bit)GCC 4.4.4(centos6.0 64bit)GCC 4.4.6(centos6.2 64bit)
jobs 1jobs 2jobs 1jobs 2jobs 1jobs 2jobs 1jobs 2jobs 1jobs 2
1m19.083s0m52.227s1m33.811s1m0.866s1m2.650s0m41.399s1m5.043s0m42.687s1m4.443s0m41.250s
GCC 4.7.0(centos6.2 64bit)GCC 4.7.0(centos6.2 64bit,3.3.6)
jobs 1jobs 2jobs 1jobs 2
1m1.892s0m39.259s1m1.462s0m39.089s

*intelコンパイラでバイナリを作ろうとしたがエラーで作成不可
*phaser2.5.0ならintelコンパイラで作成可能だったが、tutorialのAUTO_beta.comでコアダンプ発生....
python /usr/local/src/ccp4-6.2.0/lib/cctbx/cctbx_sources/cctbx_project/libtbx/configure.py --repository=/usr/local/src/ccp4-6.2.0/src/phaser/source phaser --build-boost-python-extensions=False --enable-openmp-if-possible=True --use-environment-flags --compiler=icc

環境core2Duo T8100 2.1Hz(2コア)/VMwareESXi 4.1.0


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Last-modified: 2012-07-25 (水) 00:43:12 (3014d)