xray/ccp4/640

本家様 http://www.ccp4.ac.uk/
従来通りのtarballをダウンロードして、インストールする方法を記す。
出発点は、最小構成マシンです。
パッケージマネージャを使用する方法と同じく彰超を導入して進めます。
*xrdpXvfbを使えば彰超を用意する必要はないのかもしれないのだが、、、比較が必要なので彰超を入れることにした。

[root@s ~]# yum -y groupinstall Desktop "Japanese Support" "Java Platform"
[root@s ~]# yum -y install firefox tcsh wget
[root@s ~]# vi /etc/inittab
 (中略)
id:5:initdefault:
[root@s ~]#
[root@s ~]# reboot

次にccp4サイトからプログラムをダウンロードします。
2014y03m10d_195814631.png
ここでは、
CCP4 Program Suite v6.4.0.1 + ARP/wARP v7.4 + COOT v0.7.2 (64 bit)
(ccp4-6.4.0.1-arp-linux-x86_64.tar.gz)[439 MB]
の3点盛りと
CCP4 Molecular Graphics v2.8.1 (64 bit)
(ccp4mg-2.8.1-Linux-CentOS-5.9-x86_64.tar.gz)[333 MB]
及び
Database for Balbes (Data Files)
(ccp4-6.4.0-balbesdb.tar.gz)[1039 MB]
をダウンロードしました。
*ARP/wARPを含むパッケージをダウンロードする際、氏名とメールアドレスが問われます。

展開

ダウンロードしたファイルは /Appl/Linux/src とかに置く

[root@s ~]# mkdir -p /Appl/Linux/src
 
*ccp4
[root@s ~]# cd /Appl/Linux
[root@s Linux]# gzip -cd ./src/ccp4-6.4.0.1-arp-linux-x86_64.tar.gz | tar xf -
[root@s Linux]# ls -CF
arp_warp_7.4/  ccp4-6.4.0/  src/
[root@s Linux]#
 
*ccp4mg
[root@s Linux]# gzip -cd ./src/ccp4mg-2.8.1-Linux-CentOS-5.9-x86_64.tar.gz | tar xf -
[root@s Linux]# ls -CF
arp_warp_7.4/  ccp4-6.4.0/  ccp4mg-2.8.1/  src/
[root@s Linux]# ln -s ccp4mg-2.8.1 ccp4mg
[root@s Linux]# ls -CF
arp_warp_7.4/  ccp4-6.4.0/  ccp4mg@  ccp4mg-2.8.1/  src/
[root@s Linux]#
 
*balbesdb
[root@s Linux]# gzip -cd ./src/ccp4-6.4.0-balbesdb.tar.gz | tar xf -
[root@s Linux]# ls -CF
arp_warp_7.4/  ccp4-6.4.0/  ccp4mg@  ccp4mg-2.8.1/  src/          *ccp4-6.4.0内に展開される
[root@s Linux]#

インストール

/Appl/Linux/ccp4-6.4.0/BINARY.setupを実行するだけいい見たい。

[root@s Linux]# pwd
/Appl/Linux
[root@s Linux]#
 
[root@s Linux]# ls -CF
arp_warp_7.4/  ccp4-6.4.0/  ccp4mg@  ccp4mg-2.8.1/  src/
[root@s Linux]#
 
 
[root@s Linux]# cd ccp4-6.4.0/
[root@s ccp4-6.4.0]#
[root@s ccp4-6.4.0]# ls -CF
BINARY.setup*  academic_software_licence.pdf  conditions.txt  html/     libexec/
QtPlugins/     academic_software_licence.rtf  etc/            include/  restore/
README         bin/                           examples/       lib/      share/
[root@s ccp4-6.4.0]#
[root@s ccp4-6.4.0]# ./BINARY.setup
(前略)
 I agree to the above conditions and have done the actions required.     *ライセンス条項を拝読します。
 
Do you accept the terms of the license? y/n [n]                          *承諾したのなら[y]を入力
Setting up paths...
20:14:06 Running auto-configure for configure
Creating new configure parameters file /Appl/Linux/ccp4-6.4.0/share/ccp4i/etc/unix/configure.def
Compiling py-files
 
----- Start ARP/wARP installation (arp_warp_7.4) -----
ARP/wARP installer is checking your c-shell...
c-shell located in /bin/csh will be used
Your login shell is: /bin/bash
ARP/wARP is being installed as part of a CCP4 installation.
ARP/wARP installer modified on 05-06-2012
Checking permissions for /dev/null    - OK
Checking availability of sed command  - OK
Checking availability of tail command - OK
Checking availability of awk command  - OK
Checking decimal separator            - OK
Checking ARP/wARP directory path      - OK
Checking ARP/wARP directory structure - OK
Checking java installation            - installed version is "1.7.0_51"
Checking operating system name        - Linux
Checking processor type               - x86_64
ARP/wARP version 7.4 executables for this platform
are available in /Appl/Linux/arp_warp_7.4/bin/bin-x86_64-Linux
Installing script and data files for:
 bin-x86_64-Linux
Variable $CCP4 is defined.as /Appl/Linux/ccp4-6.4.0
Located the CCP4 setup file at /Appl/Linux/ccp4-6.4.0/bin/ccp4.setup-csh
Checking CCP4 & ARP/wARP installation - OK
Checking refmac5 installation         - installed version is 5.8.0049 OK
Testing the possibility of remote job submission - please wait...
curl seems to be able to communicate with the cluster at EMBL-Hamburg
The remote job submission of ARP/wARP 7.4 from CCP4i should work
=========================================================================
   Remember that you have accepted the terms of the license agreement
when you downloaded ARP/wARP 7.4. Proceeding with installation reinforces
                 your acceptance of the license agreement
   Any use of the ARP/wARP software for crystallographic computations
        must cite one or more ARP/wARP publications as set forth
       in the job log files, manual or on http://www.arp-warp.org
=========================================================================
Preparing setup scripts for ARP/wARP.
Checking shell startup files for user root
*** Installation of core ARP/wARP 7.4 modules has been successfull ***
Installation of the CCP4 GUI plugin
Checking availability of tclsh command  - OK
Checking version of tclsh command - OK
/Appl/Linux/ccp4-6.4.0/share/ccp4i/tasks, scripts and templates directories exist
 and are writable by root
Uninstalling CCP4 GUI for an earlier ARP/wARP version
Installing GUI for ARP/wARP 7.4
CCP4 interface version is: 2.2.1
Using tarball ARP_wARP_CCP4I6.tar.gz (for ccp4 version 6 and newer).
*** Installation of ARP/wARP 7.4 GUI has been successfull ***
Installing ARP/wARP source files into /Appl/Linux/ccp4-6.4.0/bin directory
Have edited /Appl/Linux/ccp4-6.4.0/bin/ccp4.setup-csh
 and backed up previous version to /Appl/Linux/ccp4-6.4.0/bin/ccp4.setup-csh.bak2269
Have edited /Appl/Linux/ccp4-6.4.0/bin/ccp4.setup-sh
 and backed up previous version to /Appl/Linux/ccp4-6.4.0/bin/ccp4.setup-sh.bak2269
----- End of ARP/wARP installation -----
 
 
         Before running CCP4 programs from command line,
         source bin/ccp4.setup-sh
         (or bin/ccp4.setup-csh if you use csh).
 
[root@s ccp4-6.4.0]#

以上でインストールは完了

使用

実際使用するには各自の使用するシェルに合わせて、環境設定が必要

  • bashなら
    source /Appl/Linux/ccp4-6.4.0/bin/ccp4.setup-sh を ~/.bashrc に加える
  • csh/tcshなら
    source /Appl/Linux/ccp4-6.4.0/bin/ccp4.setup-csh を ~/.cshrc に加える

これでコマンドラインから ccp4i とすればOK
*ccg4mgは、標準で /Appl/Linux/ccp4-6.4.0/../ccp4mg/bin/ccp4mg と定義されてます。
2013y12m07d_195637151.png

shelx

ccp4iからshelxを実行できるのだが、それらへのパスが通ってないと下記のようにグレイアウトされる。
2013y12m07d_192919374.png
入手して、各自のPATH環境変数に定義を加える

source /Appl/Linux/ccp4-6.4.0/bin/ccp4.setup-sh
export PATH=/Appl/Linux/shelx:$PATH

2013y12m07d_193429606.png

更新

なんか[Manage Updates]なるボタンがある。これをクリックすると自動でccp4さんのサイトに行ってモジュールの更新をしてくれるそうな。すばらしい。
2013y12m07d_200741750.png
っで、当然インストールしたユーザしかできないのだが、一般ユーザがこれをクリックすると下記が表示される。
2013y12m07d_200916311.png
なので管理者でログインし直して、このボタンを押す。押してみると下記のような[CCP4 Update Managerが起動する
2013y12m07d_201100379.png
[Next]ボタンをクリックして、利用可能なupdateを確認する。
何のプログラム・スクリプトが更新されるのかが不明なのだが、、まぁーccp4のサイトで確認せよなんだろうけど、全て選んで[Apply]ボタンを押す。
2013y12m07d_201328332.png
すると必要なファイルのダウンロードが開始される。
2013y12m07d_201629507.png
なんかccp4iを再起動せよと表示されるのだが、ここはcloseを選択。
2013y12m07d_201639668.png
ccp4iの再起動の前に更新の適用が始まる。
2013y12m07d_201659341.png
完了後にccp4iを再起動してみると、あと2つ更新があると表記された。どうやらこの時点では5つ更新があるようだ。
っで、再度上記のように[Manage Updates]ボタンをクリックして残りの2つを適用させた。

最終的にccp4iの画面で
2013y12m07d_202759294.png
と[CCP4 is up date]となればいい。

*っが、xray/ccp4/640#m7d494f5で発生した[Pirate]の不具合は残ったままでした。

AutoSHARPとの連携

ここを参照の事
AutoSHARP


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Last-modified: 2014-03-10 (月) 20:21:59 (2173d)