xray/ccp4/640

研究者の皆様にはMacOSXを中心に使われている方々が多い。
先日ccp4の他にもcoot,phenixもMacOSXで動かす場合を問われた。
これを機会にやってみた。

こちらで保有しているのは MacOSX 10.7.5 です。

まずは http://www.ccp4.ac.uk/download/index.php#os=mac にアクセスして、[Download Now!]リンクをクリックします。
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ダウンロードした ccp4-6.4.0-setup.dmg をダブルクリックする
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インストール用のアプリが表示され、これをまたダブルクリックする。
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OSの設定がそのままだと下記のようなエラーが表示されます。
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「OK」ボタンをクリックして、この画面を閉じたのち、これを回避する設定を施します。
まずは[システム環境設定/パーソナル項目内/セキュリティとプライバシー]を開いて、[一般]タブを開きます。
設定を変更するので、画面下部の「変更するにはカギをクリックします」で鍵をクリックして、
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認証画面が表示されます。パスワードを入力して変更ができる状態にします。
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「ダウンロードしたアプリケーションの実行許可:」内から
  【すべてのアプリケーションを許可】
を選択します。
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この選択と同時に確認画面が表れますが、「すべてのアプリケーションを許可」ボタンを押して確定させます。
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ここで「システム環境設定」を閉じても構いません。

そして、再度ccp4インストール用のアプリをダブルクリックします。
またしても確認の画面が表示されますが、
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「開く」ボタンをクリックします。
osascriptへの変更を許可するためにパスワードを求められます。
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パスワードを入力して「OK」ボタンをクリックします。

これでようやくccp4インストールツールのCCP4 Setup Managerが起動する。[Next]ボタンをクリック
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CCP4 setup, step 1 out of 5、Choose components to install」 画面でインストールしたいパッケージを選択します。すべて選択すると7.1GB必要です。ここではCCP4本体とARP/wARPを選択して[Next]ボタンをクリックします。
*CCP4本体にcootも入ってます
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CCP4 setup, step 2 out of 5、Confirm your agreement to CCP4 terms and Conditions」画面でライセンスを拝読して、同意するか、しないかを決めます。同意するのなら、[I agree]を選択して[Next]ボタンをクリックします。
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CCP4 setup, step 2a out of 5、Confirm ARP/wARP Licence」画面でライセンスを拝読して、同意するか、しないかを決めます。同意するのなら、氏名とメールアドレス、およびライセンスのタイプを選択して[Next]ボタンをクリックします。
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CCP4 setup, step 2b out of 5、Confirm your agreement to GPL terms and conditions for Coot installation」画面でライセンスを拝読して、同意するか、しないかを決めます。同意するのなら、[I agree]を選択して[Next]ボタンをクリックします。
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CCP4 setup, step 3 out of 5、Choose Locations」画面で、CCP4(とARP/wARP)を配置する場所とダウンロードファイルを置く場所を決める。ここでは既定の /Applications を起点として、ダウンロード場所も既定の /tmp とした。[Next]ボタンでダウンロードが開始される
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CCP4 setup, step 4 out of 5、Download selected components」画面でダウンロード状況が見える。
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ダウンロード完了後、[Next]ボタンを押す。
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CCP4 setup, step 5 out of 5、Install downloaded components」画面で「Ready to install」を確認して[Install]ボタンを押す。これでインストールが開始される。
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途中注意書きが表示されます。[OK]ボタンを押して進みます。
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途中「Javaランタイムをインストールします」とかARP/wARPのインストール結果が表示されますが、下記画面で「Finish」ボタンをクリックして完了となります。
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*Javaのインストールに関しては「インストール」ボタンを押してインストールを進めます。
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「インストール」ボタンをクリックすると「ソフトウエア・アップデート」からインストールが行われる
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インストールが完了して「OK」ボタンをクリックします。
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*ARP/wARPに関しては、下記のようなログ画面が表示される。中身を読んで問題なければテキストエディッタを閉じて終了
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あとしまつ

アプリケーションが入ったフォルダは閉じます。
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そして、ディスクトップ上にある、インストールボリューム(インストーラー)は、ゴミ箱へ入れて消去して下さい。
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起動

*X11なxquartzが必要なので、事前に http://xquartz.macosforge.org/landing/ で入手してインストールしてください。
「アプリケーション/ccp4-6.4.0」にccp4.appがあります。これをダブルクリックして起動させてccp4iを使用します。
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起動すると、下記のような画面になる。
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ここで、画面右下で「CCP4i is up todate」と表記されている。この場合最新版であると分かる。
もし最新版が発行されたら、「Manage Updates」ボタンをクリックして、認証後、最新版を適用する作業が行える。

coot

ccp4と同時にインストールされたcootであるが、
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こちらの環境要因で起動しなかったが、余所では稼働確認済み


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Last-modified: 2014-09-18 (木) 23:47:47 (1981d)